国家重大专项实施过程中涉及的其他部门，作为联席会议列席单位。
第六条 重大专项配套工作由联席会议、审核工作小组、各专项牵头部门根据各自职责，分别负责管理。
联席会议统筹重大专项实施及资金配套工作，审定项目资金配套方案、政府股权投资方案，审定重大项目资金配套方案调整，确定出资部门和额度。
审核工作小组负责综合平衡各专项配套工作，汇总各专项项目、课题申报、批准及承诺、推荐情况，汇总各专项牵头部门提出的项目资金配套方案、股权投资方案，提交联席会议审议等工作。
各专项牵头部门负责收集在京单位申报国家科技重大专项及获得批准的情况，提出项目资金配套初步方案和股权投资方案，组织实施项目资金配套方案和股权投资方案，建立符合重大专项特点的配套管理机制，提出政府股权退出的时机和具体方案，提出项目配套资金调整建议等。
第七条 市财政局负责提出重大专项配套资金的管理和使用要求；组织审核并批复重大专项配套资金的总预算和年度预算；组织开展重大专项配套资金的审核、监督与检查等相关工作，指导和监督预算执行，审核、批复专项实施中的重大预算调整；批复重大专项配套资金等决算工作。
第三章 资金配套原则
第八条 重大专项配套资金，由联席会议成员单位及相关牵头部门年度预算和市财政新增财力统筹安排，纳入本市重大科技成果转化和产业项目资金范围。
第九条 重大专项配套资金结合组织实施要求和项目特点，重点支持承诺将研究成果在京落地和产业化的项目，采取直接补助和股权投资等方式。
采取股权投资方式支持的项目参照《中关村国家自主创新示范区重大科技成果转化和产业化股权投资暂行办法》执行。
第十条 实行分类配套。
明确由北京市政府承担的“极大规模集成电路制造装备及成套工艺”专项地方配套经费由财政新增财力和该专项牵头部门予以保证，按国家要求予以配套。
对其他民口专项的项目、课题，结合成果落地和产业化意向，按在京单位实际获得中央经费的15%-20%予以配套。
