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（三）规划财务处
组织编制全市环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；审核城市总体规划中的环境保护内容；负责环境保护基本建设投资、环境保护专项资金的管理工作；负责全市环境保护系统国际交流和对外经济合作、利用外资工作；参与环境保护利用外资项目的实施和管理；承担机关和局属事业单位财务、国有资产管理、政府采购、内部审计工作。
（四）政策法规处（信访处）
组织制定环境保护地方性法规草案；指导和协调全市环境保护法制建设；组织开展环境保护执法检查；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；负责全市的环境信访稳定工作；承办市环境保护局管辖的行政复议、应诉及赔偿工作；负责人大建议、政协提案的答复工作；协调解决辖区内环境污染纠纷。
（五）污染物排放总量控制处
拟订全市主要污染物排放总量控制计划和排污许可证制度并组织实施；监督管理全市重点减排工程、项目的建设和运行以及减排政策、措施的落实；承担全市环境统计和污染源普查工作。
（六）环境影响评价处
拟订全市建设项目环境管理制度；负责权限内规划环境影响评价的审查管理工作，负责权限内的建设项目环境影响评价审批和管理工作；负责权限内建设项目竣工环境保护验收工作；指导全市建设项目的环境管理工作；负责监督管理在郑州市承担环评工作的环境影响评价机构；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地方，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件工作。
（七）环境监测处
负责组织制定地方环境监测制度和规范，组织开展全市环境监测工作；检查评估全市环境质量状况并进行预测预警；承担全市环境监测网和全市环境信息网的有关工作；承担发布全市环境质量状况的有关工作。
（八）污染防治处
负责监督实施全市大气、水体、噪声、光、恶臭、机动车等的污染防治工作；负责编制全市重点区域和流域污染防治规划并组织实施；负责城市环境综合整治定量考核；负责监督实施全市饮用水源保护工作；组织指导城镇和农村的环境综合整治工作；组织实施排污申报登记、污染源限期治理和污染防治设施等环境管理制度；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；协调全市跨行政区域环境污染纠纷。
（九）自然生态与农村环境管理处
拟订全市自然生态保护政策、制度并监督实施；提出新建和调整各类自然保护区、生态功能保护区的审批建议；指导、协调、监督检查全市自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作；负责对重大生态环境破坏违法案件的调查处理；开展全市生态状况评估；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；协调和监督生态破坏恢复整治、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治等工作；指导生态示范建设与生态农业建设；指导农村土壤污染、畜禽和水产养殖污染防治工作。
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