（三）整改落实阶段（11月初至11月底）各县（市）区、市直各部门要针对治理工作中发现的问题，研究制定整改措施并抓好落实，做到资金资产处理到位、违纪责任人员处理到位。在整改过程中要深入剖析产生问题的原因，完善制度，深化改革，强化源头治理，建立和完善防治“小金库”的长效机制。各县（市）区“小金库”治理工作领导机构要加强对整改落实情况的督促指导。各县（市）区、市直各部门“小金库”治理日常工作机构要将本地和本部门专项治理工作情况形成书面报告（电子文档），在2009年11月15日以前报市“小金库”治理工作领导小组办公室。市“小金库”治理工作领导小组办公室对全市“小金库”专项治理工作进行全面总结分析，形成专题报告，经市“小金库”治理工作领导小组审定后报市委、市政府和省治理“小金库”工作领导小组办公室。
三、专项治理的政策规定对专项治理中发现的“小金库”，要严格按照“依法处理，宽严相济”的原则进行处理。
（一）“小金库”治理工作鼓励自查，对自查发现的问题从轻从宽处理。凡自查认真、纠正及时的，对责任单位可从轻、减轻或免予行政处罚，对有关责任人员可从轻、减轻或免予处分。对自查出来的“小金库”，要如数转入符合规定的单位账簿，依法进行财务、税务等相关处理。各部门对其所属单位进行的内部检查，视同自查。
（二）对被查发现的“小金库”，除依法进行财务、税务等相关处理外，还要对责任单位和责任人员依法予以行政处罚，并依纪依法追究责任。对设立“小金库”负有领导责任和直接责任的人员，依照《设立“小金库”违纪行为适用〈中国共产党纪律处分条例〉若干问题的解释》、《设立“小金库”违法违纪行为政纪处分暂行规定》，严肃追究责任。
（三）对专项治理工作中走过场的单位，主管部门和专项治理工作领导机构要及时了解掌握有关情况，给予通报批评并责令整改；对问题处理不到位的，要相应扣减财政拨款；对问题严重的，要追究主要负责人的责任。
（四）对在专项治理工作中弄虚作假、压案不查、对抗检查、拒不纠正、销毁证据、突击花钱、打击报复举报人的，或在重点检查中发现“小金库”数额巨大、情节严重的，要按照有关规定从重处理。涉嫌犯罪的，移交司法机关依法处理。
（五）中办发[2009]18号下发后再设立“小金库”的，对主要领导、分管领导和直接责任人要严肃处理，情节严重的，要按照组织程序先予以免职，再依据党纪政纪和有关法律法规追究责任。
（六）对专项治理工作中发现的其他违反法律法规的问题，按国家有关法律法规进行处理。
