一是分级负责，分口把关。强农惠农资金专项清查工作实行省、市、县（区）分级负责，各相关涉农部门分口把关的机制。建立健全责任制，一级抓一级、层层抓落实。
二是全面推进，突出重点。既要对各级财政安排的各项强农惠农资金进行全面清查，又要突出重点，着重清查资金规模较大、涉及面广、农民群众关心、社会各界关注的专项资金使用管理情况。
三是统筹分工，协调配合。建立专项清查工作组织保障机制，成立相应工作机构，统筹组织专项清查工作，各有关部门和单位落实分工，相互配合，协调推进专项清查工作顺利开展。
四是标本兼治，纠建并举。要认真查找当前强农惠农资金使用管理中存在的问题，既要解决当前群众最关心、最直接、最现实的利益问题，又要切实解决强农惠农工作中影响和制约科学发展的突出问题，着力建立健全监管体制和机制，确保国家强农惠农政策的有效落实，促进农村经济社会发展和农民持续增收。
二、范围和内容
（一）范围。此次专项清查的范围包括全国安排和使用强农惠农资金的部门和单位。安排强农惠农资金的部门主要包括财政、发展改革、农业、林业、水利、国土、环保、人民银行、扶贫、人力资源和社会保障、卫生、民政、文化、教育、科技、商务、人口计生委等部门。
（二）内容。
一是清理。各市、县（区）、各有关部门要对管辖范围内的强农惠农资金安排使用情况进行全面清理。
二是检查。主要检查2007-2009年各级财政预算安排用于“三农”的各项资金（包括基建投资用于“三农”的支出）的使用管理情况。重点检查：一是对农民的补贴资金。如农作物良种补贴、农机购置补贴、粮食直补、农资综合补贴、家电汽车摩托车下乡补贴、农业保险保费补贴。二是农业和农村基础设施建设投入。如农村“水、路、电、气、房”等资金。三是农村社会事业投入。如新型农村合作医疗补助、新型农村社会养老保险补助、财政扶贫资金。四是其他重点专项资金。如新增建设用地土地有偿使用费、用于农业土地开发的土地出让收入、被征地农民补偿费用、大中型水库移民后期扶持基金、退耕还林补助资金、对产粮大县奖励补助资金等。
特别要注意检查和纠正强农惠农资金使用管理中存在的问题。一是管理制度是否完善。二是对农民的各项补贴资金是否及时足额拨付到户。三是是否存在多头申报、虚报冒领、套取资金的问题。四是是否存在截留、挤占、挪用资金的问题。五是是否存在滞留、资金使用效率较低的问题。六是财政预算安排的强农惠农资金相关账户设置和资金划转存在的问题。七是违反制度规定的其他问题。
