市农业局职责：
（一）对组织编制的农业、畜牧业的有关专项规划，应当进行环境影响评价。
（二）负责对农业面源污染防治统一监督管理。推广使用合理农业技术，引导农民科学施肥、安全使用农药，推广生态农业技术，防止植被破坏和土壤污染。
（三）组织开展农业环境监测和生态农业建设工作，指导农业生产对农业生态环境造成污染、破坏的预防和治理。
（四）负责依法划定禁养区（限养区）、禁建区；负责实施畜禽养殖污染整治；负责重大动物疫病防控工作，负责监督指导货主做好染疫动物、病死或死因不明动物尸体无害化处理工作。
（五）负责制定农业废弃物综合利用的政策措施并监督实施。
市林业局职责：
（一）对组织编制的林业有关专项规划，应当进行环境影响评价。
（二）依法对森林资源的保护实施监督管理。
（三）负责对本行政区域内陆生野生动物和植物保护实施监督管理。
（四）负责对其主管的自然保护区进行保护和监督管理；负责本系统管理的自然保护区的执法以及排污企业破坏林地的违法行为的查处。
（五）依法对滇池及阳宗海以外的各类湿地实施监督管理。
（六）负责制定造林绿化规划，监督落实生态公益林建设和保护；负责防护林维护和建设；实行采伐限额制度，采伐后应及时更新抚育。
市水务局职责：
（一）负责全市水资源保护，对全市城镇和农村饮水、分散式再生水利用及节水工作进行指导和监督。按照国家涉水法律、法规，拟订水资源保护规划并开展监督检查；组织水功能区的划分，配合环保部门做好饮用水源保护区水域排污的控制。
（二）负责水资源开发利用项目上报或审批前，按照有关法律、法规督促项目业主开展环境影响评价，并向审批机关提交环境影响评价文件和书面审查意见。
（三）合理调度水资源，负责区域内水资源开发利用及生态用水的平衡。
（四）负责督促供水部门对环境违法企业依法采取限水、停水、断水等措施。
（五）组织全市水土保持生态环境工作；会同有关部门编制水土保持生态环境规划；审批建设项目水土保持方案；组织水土流失监测和综合防治工作。承担昆明市水土保持委员会办公室的日常工作。
（六）牵头负责饮用水源地综合性保护工作。
市滇管局职责：
（一）负责组织开展《
滇池保护条例》、《昆明市排水管理条例》及滇池水体、入滇河道等纳入综合执法范围内企业违法排污行为的查处工作；负责对滇池流域建设项目选址审查、排水许可审查等。
（二）负责在滇池保护专项规划上报或审批前，按照有关法律、法规组织环境影响评价，并向审批该专项规划的机关提交环境影响评价文件。
