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健全审计整改联动机制。财政、税务、金融、纪检监察、公安、法院等相关部门要依法协助审计机关履行审计监督职责。对审计机关依法提请暂停拨付与被审计单位违纪行为有关的款项，以及代扣罚没款等事项，财政部门要及时扣缴和清收应当上缴财政的款项；对审计机关作出的被审计单位补缴税款决定或移送处理意见，税务部门应当依法足额征收；对审计部门依法申请冻结被审计单位在金融机构的有关存款的，人民法院和金融机构应予以支持和配合；对审计部门建议采取保证贷款资金安全的措施，金融机构应予以支持和配合；对被审计单位及有关人员有违反党纪、政纪行为的，审计机关应及时移送纪检监察机关，涉嫌犯罪的，应及时移送司法机关。对审计机关申请强制执行审计决定的，人民法院要依法配合执行；监察部门要将审计整改情况纳入日常监察范围。有关部门应将查处结果书面反馈审计机关。审计、财政、税务、金融、纪检监察、公安、法院等相关部门要建立审计整改工作联席会议制度，定期就审计整改联动机制执行情况、重大问题的整改情况进行沟通，总结经验，查找问题，促进审计整改联动机制的良好运转。同时，审计机关应将要求财政、税务、金融、纪检监察、公安、法院等部门协助执行或者应移送处理的事项，及时通知相关部门，以便各部门协助执行或及时查处。
完善审计整改跟踪检查制度。审计机关应在审计报告、审计决定书和移送处理书送达之日起3个月内进行审计跟踪检查，对被审计单位执行审计决定、采纳审计报告意见及建议情况、处理审计移送事项结果进行检查，并将检查结果向被审计单位主管部门通报；对重大审计项目审计结果跟踪检查和督促落实情况，应不定期向本级人民政府报告；对重大审计项目以及被审计单位未执行审计决定的审计项目，将由监察、政府督办等相关部门每半年组织一次督办检查。同时，积极促进被审计单位建立健全规章制度，规范财政财务管理，提高资金使用效益，确保审计发现的问题得到及时有效整改。
强化审计整改责任追究制度。被审计单位的主要负责人是落实审计整改工作的第一责任人。组织、人事部门和其他有人事任免权、奖惩考核权的有关主管部门，要把审计整改情况，作为评价领导干部履行经济责任、考察任用干部和考核部门年度工作的内容之一。对整改不及时、措施不得力、敷衍了事、拒不整改或屡查屡犯单位的责任人员，由有关部门依法依规追究其相关责任。
实行审计整改公告制度。审计机关要在做好审计结果公告的基础上，逐步公告审计整改结果。一是在被审计单位公布审计整改情况；二是在政务或审计网站上发布审计整改信息；三是通过新闻媒体宣传报道审计整改典型，并对那些拒不整改的和屡查屡犯的部门或单位在一定范围内予以公开曝光。
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