第二十一条 项目资金管理环节：市农发部门应加强对县（区）农发项目资金的监管。县（区）农发部门应根据工程进度实行县级报账制，并及时处理相关会计事项。
第二十二条 项目内业管理环节：市、县（区）农发部门应明确专人，负责项目、资金等内业资料的搜集，并按档案规范化管理要求，及时分类、整理、归档。
第四章 责任追究
第二十三条 项目设计、施工、监理、招投标和中介审计机构等合同管理单位不履行合同或不能完全履行合同的，除按合同约定的条款进行处理外，实行信用管理。对有不良信用记录的和不良信用记录超过五次以上的，分别在二年和三年内不得参与全市农业综合开发项目工程设计、工程建设、监理、招标代理和审计等工作。
第二十四条 实施产业化经营及补助类项目的龙头企业、专业合作组织和种粮大户，不按项目实施方案、建设内容实施，不予拨付项目资金并责令限期改正；采取“先建后补”方式的项目单位，如提供信息不真实、骗取项目资金的，除追回项目资金，五年内不予申报农发项目，情节严重的，移交司法机关依法处理。
第二十五条 项目区乡镇不支持配合农发工作，造成项目实施进度滞后的，不能落实农业综合开发筹资投劳“一事一议”政策的，给予通报批评并限期整改；不能有效开展项目区群众宣传动员工作、引发群众集体上访或越级上访的，工程建成后管护责任不落实、工程损毁严重引发群众上访的，影响较大的，给予项目区乡镇政府主要负责人通报批评。
第二十六条 县（区）农发部门对项目评估论证不充分，导致与实际开发效果有较大偏差的，没有落实农业综合开发信息公开、不及时管理维护农业综合开发信息系统的，项目施工监管不到位、工程质量不达标的，不按时报送项目报表、信息资料、档案管理不规范的，给予县（区）农发部门通报批评并责令限期改正；擅自调整项目实施内容，招标采购不规范、未全面实行公开招投标的，滞留、挤占挪用、套取项目资金的，依法追究县（区）农发部门主要负责人和直接责任人责任。
第二十七条 市农发部门对县（区）农业综合开发项目初步设计、实施方案审核不认真、造成项目难以实施的，监督项目计划执行不到位的，给予市农发部门通报批评；对市级农发部门检查验收合格的县（区）年度项目，而在国家和省抽查验收中不合格的，依法追究市农发部门主要负责人和有关责任人责任。
第二十八条 市、县（区）农业综合开发领导组成员单位不落实联席会议议定的事项，不配合、不支持农业综合开发项目的申报、实施，给予通报批评。
第二十九条 市、县财政部门不足额落实农业综合开发配套资金和专项事业费的，给予通报批评；对因项目工程质量差、引起群众上访或被新闻媒体曝光造成恶劣影响的，对上级审计、检查发现农业综合开发资金有重大违规违纪行为的，依法追究县（区）财政、农发部门主要负责人、直接责任人的责任。
第三十条 对农业综合开发年度考核后进的县（区），给予通报批评并视情扣减下一年度农发项目投资规模；对连续二年考核为后进的县（区），暂停新项目申报立项资格，建议组织部门对其财政、农发部门主要负责人两年内不得提拔使用。
