（四）工程管理处
承担交通建设市场监管和基础设施建设管理工作；负责职责范围内交通基础设施建设项目的竣工验收工作；负责交通建设市场动态管理和监督检查，监督管理交通运输行业和产业项目招标投标工作；负责交通建设市场主体的资质资格管理和信用管理；指导和监督下级交通运输主管部门的交通建设市场管理工作，维护交通建设市场公平竞争秩序；负责交通工程建设实施阶段程序管理。
（五）科技信息处
负责拟订全行业科技发展规划和计划；指导重点交通运输科技项目攻关、创新技术引进和重大科技成果鉴定、推广、应用；负责职责范围内交通运输科技成果和专利的管理；指导全行业质量技改、节能减排、标准化管理工作；负责信息化建设、信息资源开发利用和网络运行工作；负责全行业通讯设备技术管理、智能交通推广应用工作。
（六）港口管理处
贯彻执行《
港口法》，负责组织辖区内港口公用设施的建设、维护和管理；负责港区和港口辖区码头（含业主码头）锚地、进港航道、航标、仓储、运输、装卸等行业管理；负责港口进出港船舶的调度和指泊；依法征收相关港口规费；审核新建长江港埠企业的设立；指导、检查、督促港口货源调查和生产计划实施；负责对港口和港埠企业安全生产和危险品的监督；协调长江港口与口岸查验单位之间的联系。
（七）行政服务处
贯彻执行《
行政许可法》，负责局有关行政许可事项的受理、审批、收费、发证、送达等相关工作，组织、协调、指导本系统的行政许可工作，管理本系统派驻市行政服务中心的工作人员。
（八）财务审计处
指导实施交通行业有关财务会计规章制度；组织交通建设资金的融通、统筹和调度；负责局管交通资金的拨付及使用监督；管理交通经费、预决算、外汇、信贷及利用外资等有关财务工作；负责交通规费征收管理；负责局机关财务会计日常管理工作；负责组织局机关和基层单位的内部审计工作。
（九）安全监督处（应急办公室）
贯彻实施公路、水路、地方铁路、航空安全生产政策和应急预案；负责公路、水路运输安全生产综合监督；负责协调和指导交通运输、交通工程建设的安全生产、技能培训；监督检查交通安全生产法规和安全生产责任制落实情况；依法组织或参与本行业重特大责任事故的调查处理；负责局安全生产委员会日常事务工作；承担社会治安综合治理工作；承担交通运输突发公共事件应急管理工作。
