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研究拟订并监督实施全市海洋功能区划、海域开发利用规划和海洋低潮高地保护规划；组织实施海域使用许可制度和有偿使用制度；承担海域使用项目的审核、论证评估、海域使用权登记工作；负责海域界线勘定管理工作；负责海洋低潮高地的开发、保护与管理工作；指导全市海域使用动态监管体系建设；承担局行政许可事项的有关工作。
（三）渔业处（科技教育处、水产品质量安全监管处）
研究拟订并组织实施全市渔业发展规划、计划；指导渔业产业结构和布局调整并提出政策建议；组织实施渔业养殖证制度，指导渔业捕捞、水产品加工流通；指导全市水生动物防疫检疫和水产养殖病害防控工作；负责水产苗种管理；指导渔业灾后恢复生产；指导渔业社会化服务体系、合作组织、行业协会和水产品检验检测体系建设；负责水产品质量安全管理工作，监督管理水产养殖用兽药等投入品的使用；指导渔业标准化生产；实施无公害水产品产地认定和产品认证制度；负责渔业统计工作；拟订并组织实施全市海洋与渔业科技发展规划、计划；组织实施科技兴海、科教兴渔战略；负责全市海洋与渔业项目的储备、申报、审核和管理工作；开展海洋与渔业高新技术和应用技术研究及成果转化、推广工作；指导渔业技术推广服务体系建设；负责海洋与渔业对外交流与合作工作。
（四）资源环境保护处（海监渔政处、防灾减灾处）
组织开展海洋环境的监测、监视和评价，编报海洋专项环境信息；会同有关部门监督实施陆源污染物排海标准和总量控制制度；承担海洋开发活动、海洋倾废对海洋环境污染损害的防治和海洋生态损害的索赔工作；监督海洋生物多样性和海洋生态环境保护；监督管理海洋自然保护区和特别保护区；组织渔业水域生态环境质量评价和污染事故调查处理；实施全市渔业资源增殖和保护制度；负责水生野生动植物、水产种质资源的保护工作；发布海洋与渔业环境状况公报、通报；指导全市海洋与渔业环境监测体系建设；开展海洋与渔业领域节能减排工作；指导海洋监察、渔政渔港监督、渔业船舶检验、渔业无线电管理工作；组织实施渔业捕捞许可制度；协调处理全市海洋与渔业重大突发事件；指导全市海洋与渔业执法队伍建设；负责海洋与渔业防灾减灾工作，拟订并实施海洋灾害应急预案，指导海洋观测体系建设。
（五）组织人事处
负责机关和事业单位机构编制、人事管理、劳动工资、考核奖惩、教育培训工作；指导全市海洋与渔业人才队伍建设；承担专业技术资格评审、职业技能开发工作；负责局机关和直属单位出国人员政审和全市性海洋与渔业社会团体管理工作；负责机关并指导直属单位离退休人员工作。
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