（五）编制全市水资源保护规划，组织水功能区的划分并监督实施，监测河流、湖泊和地下水的水量、水质，核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见。指导水生态保护与修复工作，提出饮用水源地设置意见。
（六）负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障，指导再生水等非传统水资源开发利用工作。负责入河排污口设置审核（批）并参与水环境保护工作，发布水质监测通报、水资源公报。指导水务一体化工作。指导雨洪资源利用的工程建设与管理。
（七）组织、指导水政监察和水行政执法工作，查处重大涉水违法事件，协调、仲裁水事纠纷。负责河道采砂取土管理和监督工作。负责水行政征收工作。
（八）指导全市水利基本建设工作。编制、审查市大中型水利建设项目建议书、可行性报告，组织实施重点水利建设项目，实施全市水利工程建设行业管理（含水利工程规划设计、招投标、监理、质量监督、竣工验收等）及相关资质管理。
（九）指导全市各类水利设施、水域及其岸线的管理与保护，指导流域和区域骨干河道、湖泊及河口、海岸滩涂的治理与开发，负责市属水利工程的运行与管理。承担三峡工程移民管理工作。
（十）指导农村水利工作。组织编制农村水利发展规划，组织协调农田水利基本建设，指导节水灌溉、乡镇供排水、河道疏浚整治、农村饮水安全等工程建设与管理工作，指导农村水利社会化服务体系建设，指导全市水土保持和水土流失综合防治工作。
（十一）指导全市水利系统财务审计工作。负责有关水利资金的计划、使用、管理及内部审计监督，参与水利投入机制和筹资政策的研究，指导水利行业国有资产的监督管理工作。
（十二）负责水利科技和外事工作。组织水利科学技术的研究和推广，贯彻执行水利行业技术质量标准，拟订水利工程规程、规范实施细则并监督实施，指导水利信息化和全市水利行业对外技术合作与交流工作。
（十三）承办市政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，市水利局内设9个内设机构，均为正科级。
（一）办公室（市三峡工程移民管理办公室）
负责公文处理、综合协调、政务信息、政务公开、新闻宣传、建议提案、史志、信访、督查督办、文书档案、机要保密、综合治理和机关固定资产使用管理等行政管理工作；组织、承办和协调综合性会议和重要活动；负责局机关内部规章制度建设；负责局机关并指导全市水利信息化工作；指导全市三峡工程移民管理工作。
