（六）安全科技处 （交通应急办公室）
承担组织拟定并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案；负责公路、水路运输安全生产综合监督；指导监督系统应急处置和安全监管工作；承担组织或参与有关事故调查处理工作；承担组织拟订全市交通运输行业科技发展规划和计划工作；承担组织实施重大科技项目攻关、技术引进、创新开发和重大科技成果的鉴定、推广、应用和管理工作；承担研究推进智能交通建设和管理工作；承担指导并监督交通运输行业质量、技术、节能、减排、通信信息和抗震防灾工作；承担组织协调交通运输基础设施险情抢修和紧急客货运输工作。
（七）货运发展处（铁路航空产业办公室）
承担拟订全市货物运输和交通运输领域物流业发展的规划和政策；承担交通运输领域物流市场培育、监督管理和服务工作；承担优化调整交通运输物流经济结构和经济布局工作；承担交通运输行业外向型经济、地区横向经济协作和对外交流合作等工作；参与全市现代物流业发展的组织协调工作；承担全市地方铁路运输、地方航空运输的产业协调发展和有关监督管理工作。
（八）港航发展处
承担全市水运发展的业务指导工作；承担组织编制全市水运业和南京港口发展战略、规划、计划工作；承担全市岸线资源的开发、利用和保护等有关管理协调工作；承担拟定港航运输发展相关政策和有关管理规定并监督实施；负责港口水运建设市场综合管理及港口公用基础设施的建设，负责港口建设与经营行政许可审批工作；承担港航信息的汇总、统计和管理工作。
（九）公共交通处
承担组织编制全市客运交通发展规划、研究全市客运交通发展战略工作；承担指导监督全市客运交通事业年度经营计划的制订和实施工作；承担全市客运交通行业生产、安全供应、经营服务单位的资质审查、发证和业务指导工作；承担全市客运交通的行业管理工作；承担全市轨道交通的运营管理工作；承担各种交通运输方式有效衔接的协调管理工作。
市国防动员委员会交通战备办公室 负责国防交通战备动员工作。
机关党委 负责机关党群工作；负责交通运输行业作风建设工作。
离退休干部处 负责机关离退休干部工作，指导系统离退休干部工作。
交通运输工会 依照
工会法开展工作。
