（一）未建立网络售票系统，实行手工售票的。各陆岛客运站必须每天分客船公司分航段对售出的成人或儿童数进行统计（海岛居民60岁以上老人和中小学生除外），相关客船公司代表签名确认，每月汇总，每季后5天内由客运站根据各船公司的实际售票的各航段的乘客数（海岛居民60岁以上老人和中小学生除外），乘以基准票价的30%，编制《珠海市陆岛交通票价下调财政补贴申请表》并经相关客船公司盖章确认，附售票统计表，上报所属区政府（经济功能区）交通主管部门审核，所属区政府（经济功能区）财政部门加具意见后转报市财政局，市财政局核实后下拨补贴专款到客运站补贴专户，客运站在收到补贴专款的5天内与各客船公司进行结算。
（二）已建立IC卡识别系统以及网络售票系统的。每季后5天内以电脑记录为准，由客运站根据各船公司的实际售票的各航段的成人和儿童数（海岛居民60岁以上老人和中小学生除外），分别乘以相应基准票价的30%，编制《珠海市陆岛交通票价下调财政补贴申请表》并经相关客船公司盖章确认，附售票电脑统计表，上报所属区政府（经济功能区）交通主管部门审核，所属区政府（经济功能区）财政部门加具意见后转报市财政局，市财政局核实后下拨补贴专款到客运站补贴专户，客运站在收到补贴专款的5天内与各客船公司进行结算。
（三）在票价下调期间，海岛居民60岁以上老人和中小学生，按下调后的票价享受优惠补贴。
四、客船公司的燃油补贴
2010年和2011年的2年内，市财政给予客船公司燃油补贴。以2008年中央财政对客船公司的燃油补贴资金数为基数，结合船务公司的航班开航率和运力增减作相应调整，以总客位数为补贴计算单位，按当年燃油价格上涨比例确定补贴资金数额上调幅度。核算上涨比例方法：以当年中石化油站挂牌价的加权平均值（按调价天数）的上涨比例确定补贴资金数额的上调幅度，如当年油价无增幅或降低，则以2008年中央财政对客船公司的燃油补贴资金数为基数保底补贴。
市水运处于当年7月31日和次年1月31日前，分两次按上述方法核算上、下半年度油价的上调幅度与各客船公司的补贴金额报送市财政局，市财政局审核后直接将补贴款项划拨到各客船公司帐户。
五、客运站政策性亏损的补贴
客运站因政策性亏损的部分，在每年终向所属区政府（经济功能区）提交财务报告及相关材料，报所属区政府（经济功能区）审核后给予补贴。
