（三）总量减排科
　　组织制订污染物排放总量控制计划、年度污染减排的工作计划和实施方案并监督实施；负责污染物排放总量控制工作的日常协调、监督、审核和考核工作；组织实施排污许可证管理制度；负责开展排污权交易工作；负责环境保护设施运营单位资质管理工作；组织环境统计；负责政府任期环境保护目标责任制考核和城市环境综合整治定量考核工作。
　　（四）污染控制科
　　组织实施污染物达标排放、重点污染源环境保护信用管理等各项环境管理制度；负责一般工业固体废物、危险废物、严控废物、进口废物和废弃危险化学品的环境监督管理；组织协调烟尘控制区及噪声达标区建设工作；会同有关部门安排市级环境保护资金并负责相应项目的监督；组织实施污染源普查工作；按权限组织建设项目竣工环境保护验收工作。
　　（五）生态环境科
　　组织有关部门监督管理饮用水源保护区环境保护工作；指导、协调和监督各种类型自然保护区、风景名胜区、森林公园、农村生态和海洋环境保护工作；组织、指导和协调生态示范区（村、镇、场）建设；组织环保科学研究和技术示范工程；管理环保科技成果；负责环境质量公报的编报；开展强制性清洁生产审核工作。
　　（六）辐射环境管理科（机动车污染管理科）
　　负责民用核与辐射环境安全、放射性废物的监督管理；按权限负责拌有辐射建设项目环境影响文件的审批工作；按权限负责对辐射安全许可证的审批及放射性同位素转让、转移的初审和备案工作；负责辐射事故的应急处理；参与反生化、核和辐射恐怖袭击工作；组织实施机动车污染防治管理制度；负责对在用机动车排放污染物检测机构的初审工作；承办机动车环保标志的发放工作；负责机动车排气年度检测的监督工作；协调发展清洁能源汽车工作。
　　（七）政策法规科
　　组织起草有关地方性法规、规章草案和政府规范性文件，对部门环保规范性文件进行法律审查；负责管理环保行政处罚工作及行政案件的审议，并组织行政复议和行政诉讼应诉；指导环保依法行政工作并组织监督检查；组织答复人大、政协议案、提案和建议；组织企业（个人）环保守法核查。
　　（八）人事科（与机关党委办公室、监察室合署办公）
　　负责机关和指导直属单位的人事管理、机构编制和劳动工资等工作；指导本市环保系统机构建设、队伍建设和行政体制改革；负责机关和指导直属单位的离退休人员服务工作；负责机关和指导直属单位的思想政治工作和监察、纪检、党群工作。

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