市动物疫病预防控制中心负责本市三大活鸡批发市场和野鸟自然栖息地的采样工作，并组织相关区县对规模禽场、散养禽户进行环境样品采样。活鸡批发市场每次采集血清样品和棉拭样品各15份；野鸟自然栖息地每次采集粪便样品100份。
（二）猪群疫病流行病学调查
各区县各选择2个规模场、2个专业户、4个散养户以及1个屠宰场，每场采集血样15份，每户采集血样5份，进行口蹄疫、猪瘟、猪繁殖与呼吸综合征免疫抗体监测。
市动物疫病预防控制中心负责组织相关区县对种猪场、规模猪场、散养猪户和生猪屠宰场进行口蹄疫、猪流感等专项流调的样品采集和监测工作。
（三）牛群和羊群疫病流行病学调查
各区县各选择2个自然村，每村各选3户羊饲养户，每户采集血清样品5份；各选择2个规模奶牛场，每场采集血清样品20份，分别进行口蹄疫免疫抗体监测。
嘉定、奉贤、崇明作为国家动物布病和结核病定点流行病学调查区县，按农业部定点流行病学调查实施方案实施的要求，配合市动物疫病预防控制中心做好相关流行病学调查工作。
（四）狂犬病专项流行病学调查
根据农业部专项流调的要求，配合对社区、宠物医院和犬饲养户进行问卷调查、现场走访等，必要时进行抽样检测。
三、调查时间
全年开展两次，4-5月一次，10-11月一次。
四、检测与分析报告
区县动物疫（疾）病预防控制中心在规定时间内及时将检测结果与分析报告报送市动物疫病预防控制中心动物疫情测报科，并于6月30日和12月1日前向市动物疫病预防控制中心提交上半年和年度工作报告。（报告内容包括：工作内容、组织开展情况、流调范围、疫病发生与流行状况、结果分析、存在的问题和建议等）。
五、其他要求
（一）各区县在开展流行病学调查工作时，可结合集中监测和日常监测工作同时开展，并整合相关监测数据以及历年监测结果进行系统分析。
（二）在开展流行病学调查过程中，对疾病诊断结果及时反馈养殖场，指导畜牧生产，要及时与各调查点交换流行病学调查工作意见。
（三）各区县按照本实施方案进行流调的同时，可根据辖区的实际情况，自行开展其他动物疫病的流调和监测工作，并不断完善流调工作范围和内容，切实为动物疫病防控提供技术支撑。
