1、纳税人能够提供完整、真实的限售股原值凭证的，据实清算。公式为：
应纳税额＝（实际转让收入额-限售股原值-合理费用）*20%
应补（退）税额＝应纳税额-已扣缴税额
2、纳税人不能够提供完整、真实的限售股原值凭证的，采取核定征收的方法进行清算。公式为：
限售股原值及合理费用＝实际转让收入额*15%
应纳税额＝（实际转让收入额-限售股原值及合理费用）*20%
应补（退）税额＝应纳税额-已扣缴税额
三、税款退库
证券机构以预缴税款方式代缴个人所得税的，经主管税务机关审核应退税款的，由主管税务机关按照有关退税规定办理税款的退库，具体程序如下：
（一）纳税人提请退税时，需按国税发[2010]8号文附件二的要求，向所属税务机关报送退税申请、《退税（费）审批表》、《税收转账专用完税证》原件和纳税人身份证，以及符合退税条件的证明材料等相关资料，以上资料复印件一律一式三份。由税务机关征收大厅申报受理岗负责发起退税受理任务，管理部门（综合业务二科）负责办理退税资料审核工作，计征部门负责填办税收收入退还书工作。
（二）综合业务二科将局长审批同意的《退税（费）申批表》及所附相关资料，转送计征科统计岗审核，审核无误后，将《退税（费）申批表》及完税凭证的复印件送交业务处理岗，完成退税工作。
第一步，纳税人在办理完清算申报后，由申报受理岗对纳税人应补、退税信息进行初审，需要退税的，通过《限售股转让所得个人所得税清算申报表》录入系统中并发起退税申请；应补税的，开具缴款凭证进行补税处理。
第二步，综合业务二科经办人、负责人、计征科经办人（税收会计），负责人依次审核，最后发送到局长岗终审。
第三步，局长终审同意后发送到计征科执行岗，由执行岗打印行政事项通知书和送达回证，并对文书进行销号。
第四步，开具收入退还书时，先输入纳税人身份证号码，查询出纳税人的退库信息，输入应退税款并打印税收退还书后，送执行岗（统计或会计），执行岗将相关资料附在收退还书上，并填写财政部门印制的《地方预算收入退库审批表》（各地名称可能不一样），在以上的所有流程通过后，将全部资料报送同级财政部门，财政部门审核通过后，在《地方预算收入退库审批表》上盖章并留存第三联；再将资料报送市级财政部门，市财政部门审核通过后，在《地方预算收入退库审批表》上盖章并留存第二联及一份资料；然后将资料报送中国人民银行审批，在收入退还书的二联上盖章；最后到国库报送资料，国库审核后留存一份资料。
