一是分级负责，分口把关。专项清查工作实行省、市、县分级负责、各相关涉农部门分口把关的办法，建立健全责任制，一级抓一级、层层抓落实。
二是全面推进，突出重点。既要对各级财政安排的各项强农惠农资金进行全面彻底清查，又要突出重点，着重清查资金规模较大、涉及面广、农民群众关心、社会各界关注的专项资金使用管理情况，努力做到点面结合，重点突出，全面推进。
三是统筹分工，协调配合。建立专项清查工作组织保障机制，省、市、县三级都成立相应工作机构，统筹组织专项清查工作。各有关部门和单位要明确分工，落实责任，加强配合，协调推进专项清查工作顺利开展。
四是标本兼治，纠建并举。要认真查找当前强农惠农资金使用管理中存在的问题，既要解决当前群众最关心、最直接、最现实的利益问题，又要解决强农惠农工作中影响和制约科学发展的突出问题，着力建立健全监管体制和机制，确保国家强农惠农政策有效落实，促进农业农村经济社会平稳较快发展和农民持续增收。
二、清查范围和主要内容
（一）清查范围。这次专项清查的范围为全省安排和使用强农惠农资金的部门和单位。安排强农惠农资金的部门主要包括财政（含农业综合开发）、发展改革、教育、科技、民政、人力资源社会保障、国土资源、水利（含水库移民）、农业（含扶贫）、海洋与渔业、文化、卫生、环保、林业、畜牧、农机、人民银行等。使用强农惠农资金的单位由各地根据各专项资金的具体情况划定具体范围。
（二）主要内容。
1.清理。省直有关部门和各市、县（市、区）对管辖范围内的强农惠农资金安排使用情况进行全面清理。
2.检查。主要检查2007-2009年各级财政预算安排用于“三农”的各项资金（包括基建投资用于“三农”的支出）的使用管理情况。重点检查：一是对农民的补贴资金，主要包括农作物良种补贴、农机具购置补贴、粮食直补、农资综合补贴、家电汽车摩托车下乡补贴、农业保险保费补贴。二是农业和农村基础设施建设投入，主要包括农村“水、路、电、气、房”等资金。三是农村社会事业投入，主要包括新型农村合作医疗补助、新型农村社会养老保险补助、财政扶贫资金。四是其他重点专项资金，主要包括新增建设用地土地有偿使用费、用于农业土地开发的土地出让收入、被征地农民补偿费用、大中型水库移民后期扶持基金、对产粮大县奖励补助资金等。
