新农合基金补偿坚持门诊统筹加住院统筹的基金分配原则；坚持以收定支、量入为出、收支平衡、补偿适度的原则；坚持大病大受益、小病小受益、无病也受益的原则。具体补偿办法如下：
（一）门诊补偿办法
门诊补偿不设起付线，参合农民在辖区内定点镇（乡）卫生院、社区卫生服务站和定点村卫生室就医，均可享受补偿。（定点村卫生室限于本镇（乡）参合农民）
1、普通门诊
（1）全年家庭成员每人累计最高补偿限额为200元。
（2）补偿比例：35%。
（3）次均费用控制：乡镇卫生院、社区卫生服务站平均每处方金额控制在30元以内，村卫生室平均每处方控制在20元以内。
2、慢性病、特定病门诊
（1）补偿比例：45％。
（2）慢性病门诊定点医疗单位可放宽到市级医疗单位。全年累计封顶补偿2000元。特定病门诊定点单位可放宽到区内、外三级以上医院或专科医院，全年累计封顶补偿3000元。
（二）住院补偿办法
设立起付线、封顶线，对政策范围内医疗费用按比例进行补偿。不同级别医疗机构起付线、补偿比例不同，级别越高的医疗机构起付线越高，补偿比例越低。非新农合定点医疗机构起付线高于定点医疗机构，补偿比例低于定点医疗机构。
1、起付线。起付线以上的费用纳入报销范围，起付线以下的费用由参合农民自付。具体标准为：
乡级定点医疗机构：100元。
县级定点医疗机构（含社区服务中心）：350元。
市级定点医疗机构：500元。
区级定点医疗机构：600元。
市内、外非定点医疗机构：650元。
2、住院报销比例：
乡级定点医疗机构：80%。
县级定点医疗机构（含社区服务中心）：65%。
市级定点医疗机构：55%（市辖区外40％）。
区级定点医疗机构：30%。
市内、外非定点医疗机构：25％。
3、住院封顶线：30000元。
五、其他特殊政策
（一）对孕产妇分娩给予定额补助。按照《自治区人民政府办公厅转发关于实施妇幼卫生“四免一救助”意见的通知》（宁政办发[2009]190号）精神，对计划内孕产妇在区、市（县）级医院住院分娩（含剖宫产术）的，新农合基金每例支付600元，在乡级住院分娩的，新农合基金不支付。
