协调指导委员会办公室设在科技兴农重点攻关项目管理办公室，市农业科技服务中心协助负责日常工作，建立管理平台，动态监管各体系运行和管理情况。
四、运行机制
现代农业产业技术体系建设每五年为一个实施周期，实行“开放、流动、协作、竞争”的运行机制。
（一）任务确定
每五年周期开始的前一年，围绕本产业发展的五年目标，需解决的重点技术问题，由首席专家牵头组织本团队内的人员提出本产业技术体系未来五年研究和试验示范任务规划与分年度计划（标书），报协调指导委员会办公室，经审议后，由市农委审批下达。
（二）组织实施
创新团队根据审批下达的五年研究和试验示范任务规划与分年度计划（标书），制定本体系五年研究和试验示范任务分解方案（计划任务书），在考虑产品特色、区域优势与代表性、试验示范工作需要和工作基础等情况，并征求有关部门意见后，提出综合试验站和技术示范点的建议名单，经协调指导委员会办公室组织有关专家评议通过后，首席专家、各专业组、综合试验站和技术示范点分别根据相应职责签订任务委托协议。
实施过程中，创新团队针对产业发展中的重要问题，可以向有关部门提出立项建议，促使相关基础研究成果与体系内的研究相互衔接。综合试验站收集、分析和整理的本区域生产实际问题、技术需求信息和疫情、灾情等动态信息，必须及时反馈到创新团队，创新团队应当予以解决。
（三）考核评估
建立现代农业产业技术体系目标考评制度。每年度，由首席专家根据委托协议内容指标，组织对专业组及组长、综合试验站和站长以及技术示范点进行考核，并将考核结果报协调指导委员会办公室。
协调指导委员会办公室根据合同书内容指标，对创新团队和首席专家进行年度考核，并将考核结果报协调指导委员会审核。根据考核结果，对未完成任务指标的，提出整改要求或进行人员调整。
每五年进行一次综合考核，考核结果分合格与不合格两种。综合考核不合格的，根据不同情况，全面或局部调整首席专家、专业组和组长、综合试验站和站长、技术示范点。
五、遴选方式
（一）创新团队
创新团队依托现有本市研究、技术推广和教育机构择优产生，不作为法人单位。依托单位必须具备较好的研发基础条件、较强的创新能力和较高的管理水平。
