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生态环境保护主要方向与措施： 规划建立重要生态功能保护区，重点强化水源涵养和生物多样性保护生态功能。停止可能导致生态环境退化的开发活动，加强生态公益林建设，恢复与重建自然生态系统，加强自然保护区建设和管理，保持生物多样性，适度发展商品林；合理利用生态景观优势，积极发展生态旅游。
（二）水源涵养功能区
水源涵养生态功能三级区有4个，面积4131平方公里，占南宁市土地面积的18.7%。分布在镇龙山、高峰岭、白花山、南蛇岭、垒高岭、小明山、仙坡岭等山地丘陵和凤亭河、大王滩等水库库区。这些区域生态公益林与商品林交错分布，森林植被保持相对完好，水源涵养服务功能极为重要。
主要生态问题：人类活动干扰强度大；人工纯林面积比重较大，森林结构单一，涵养水源、保持水土等生态服务功能下降，生物物种减少；部分库区坡耕地面积大，水土流失严重。
生态保护主要方向与措施：加强生态公益林的改造与建设，通过封育恢复自然植被，促使其逐步向常绿阔叶林演化，提高水源涵养的功能；林产业向合理利用与保护建设相结合的生态型林业方向发展，保持森林生长与采伐利用的动态平衡，兼顾生态效益和经济效益，逐步恢复和改善地力；加强水土保持；严格限制发展导致水体污染的产业。
（三）土壤保持与生物多样性保护功能区
土壤保持与生物多样性保护生态功能三级区3个，面积3239平方公里，占南宁市土地总面积的14.7%。主要分布于隆安县的西部和东部、武鸣县的西部和西南部、马山县东北部、上林县北部的岩溶山区。山多地少，易旱易涝，生态系统脆弱。土壤侵蚀敏感性和石漠化敏感性极为敏感，土壤保持服务功能极为重要。在隆安县的龙虎山自然保护区和武鸣县的三十六弄-陇均自然保护区保存有面积较大的北热带石灰岩季雨林，在马山县的弄拉自然保护区保存有面积较大的南亚热带石灰岩季雨林和石灰岩常绿落叶阔叶混交林，岩溶生态系统完整，生物种类繁多，拥有大量岩溶珍稀、特有和古老的生物种类，对于生物多样性保护具有重大意义。该类型区生物多样性敏感性极为敏感，生物多样性保护服务功能极为重要。
主要生态问题：天然林破坏较为严重，森林覆盖率低，生态系统服务功能退化，水土流失、石漠化严重；坡耕地面积比重大，土地生产力低；岩溶洼地易旱易涝；农业扩张、过度放牧、生物资源过度利用、外来物种入侵等导致物种自然栖息地遭到破坏，生物多样性受到严重威胁。
生态系统完整性；加强自然保护区建设，提高自然保护区管理能力；禁止对生生态保护的方向与措施：保护自然生态系统与重要物种栖息地，维护物多样性有影响的经济开发，防止不合理开发建设活动导致物种栖息环境的改变；禁止对野生动植物进行滥捕、乱采、乱猎，加强对外来物种入侵的控制；继续采取封山育林、退耕还林、小流域治理、农村生态能源建设等措施，恢复重建石山森林生态系统，提高水源涵养和水土保持能力。
（四）土壤保持功能区
土壤保持生态功能三级区2个，面积338平方公里，占南宁市土地面积的1.5%。分布在马山县西部和武鸣县东部的岩溶山区，石山多平地少，石头多土壤少，耕地资源少，生态系统极为脆弱。土壤侵蚀敏感性和石漠化敏感性极为敏感，土壤保持服务功能极为重要。
主要生态问题：不合理的土地利用、毁林开垦、过度放牧造成自然植被严重破坏，森林覆盖率较低，生态系统服务功能退化，水土流失、石漠化严重；坡耕地面积比重大，土地生产力低；岩溶洼地易旱易涝。
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