市发改委负责编制农村土地综合整治项目的产业发展规划等工作。
市财政局负责指导县级财政及相关部门做好资金统筹，及时拨付项目资金，监管项目资金使用等工作。
市农业局负责项目区耕地质量管理、农业产业化、土壤改良、监管项目建设单位耕作层再利用与标准农田建设、农业产业化定位等工作。
市水利局负责项目区的农田水利建设、农村安全饮水工程等工作。
市林业局负责统筹森林资源的保护、开发、利用、评估及流转、林业重点工程的规划与指导及项目区的绿化指导等工作。
市交通运输局负责统筹项目区农村公路、桥梁工程、港口码头建设等工作。
市城乡规划局负责本级、指导县级规划部门做好村级土地综合整治专项规划等工作。
市住房和城乡建设局负责指导村容整治，农村住房建设及危房改造，垃圾、污水处理等工作。
市环保局负责项目区生态环境保护监管等工作。
市民政局负责农村土地综合整治工作涉及的行政村区划调整，统筹农村敬老院建设等工作。
市监察局负责对各级各部门履行农村土地综合整治工作职责的监督。
市审计局负责项目资金的审计监督。
市农办负责对市农经处和市能源办推进农村土地承包经营权流转及沼气、太阳能利用与建设等工作。
市农业综合开发办负责中低产田改造、农业产业结构调整等工作。
市电力、文化、教育、卫生、广电及相关涉农部门负责本部门相关的基础设施建设等工作。
第二章 年度计划、项目选址、规划、建库、立项
第六条 计划下达。市国土资源局根据农村土地综合整治工作目标，在每年3月底以前下达全市农村土地综合整治项目年度计划。
第七条 项目选址。县市区人民政府根据项目年度计划，组织相关部门进行项目踏勘初选、编制项目建议书，向市领导小组办公室申请农村土地综合整治项目选址。市国土资源局会同相关部门按有关规定组织项目选址踏勘，对项目进行认真筛选，建立项目库，拟定申报项目。
项目选址符合以下条件的优先安排：
1、省、市新农村建设示范点；
2、有城乡建设用地增减挂钩潜力；
