（八）安全监督处（应急办公室）
监督实施道路、水路运输、公路水路工程建设安全生产政策；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关公路、水路运输企业安全生产监督管理工作；负责直属单位的安全监督管理和抗震防灾工作；依法组织或参与有关事故的调查处理工作；组织协调公路重点物资、重要时节运输保障及抢险抗灾等紧急客货运输有关工作。
（九）财务处
负责管理部门预算资金、专项资金、基本建设项目预决算、政府采购、信贷以及交通运输建设项目融资、引资等有关财务工作；负责厅属单位国有资产的管理与监督工作；指导交通运输系统财务会计工作。
（十）审计处
负责交通运输行业审计工作；负责对交通运输基础建设项目和交通运输专项资金运作进行监督和审计；负责对厅属单位国有资产、财务收支及经济效益进行审计；负责领导干部任期经济责任审计工作；指导交通运输行业内部审计。
（十一）科技教育处
拟订自治区交通运输行业科技、信息化发展政策和规划并监督实施；负责重大交通科技项目及成果鉴定、推广应用的组织实施；管理交通运输行业有关标准、质量和计量工作；指导交通运输行业环境保护、节能减排等工作；承担涉及综合运输体系的标准协调工作；指导交通运输行业成人教育和职业教育工作。
（十二）基层党建处
负责厅属单位基层党组织的建设；指导基层党组织和党员队伍的思想、作风建设及组织管理；负责制定党员教育总体规划及干部、党员培训工作；指导、监督基层党组织的党员教育等工作；负责交通运输系统有关单位的党费收缴管理工作；指导交通运输系统党建研究会工作。
机关党委负责厅机关及相关事业单位的党群工作。
监察室（与纪检委合署办公）为自治区纪委（监察厅）的派驻机构，负责厅机关和直属单位、指导本系统的纪律检查和行政监察工作。
离退休干部工作处负责厅机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。
四、人员编制
自治区交通运输厅机关行政编制130名。其中：厅级领导职数7 名（含纪委书记），政治部主任1名，总工程师1名，总规划师1名，总会计师1名，处级领导职数39名（含机关党委专职副书记1名、离退休干部工作处领导职数2名）。
