（四）指导自治区地方海事工作。承担水上交通安全监管责任，负责水上交通管制、船舶及相关水上设施检验等工作。
（五）负责提出公路、水路固定资产投资规模和方向、财政性资金安排意见，按规定权限审批、核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目。拟订公路、水路有关规费政策并监督实施，会同有关部门制定交通运输行业价格，对涉及财政、土地、价格等方面的问题提出政策建议。
（六）承担公路、水路建设市场监管责任。拟订自治区公路、水路工程建设相关政策、制度和技术标准并监督实施。组织协调公路、水路有关重点工程建设和工程质量、安全生产监督管理及有关人员资质管理工作，指导交通运输基础设施管理和维护，承担有关重要设施的管理和维护。负责国道、省道及管辖范围内专用公路的建设、养护和管理，负责路政综合管理，依法保护公路路产路权；指导管辖范围内县道、乡道的建设、养护和管理工作。
（七）指导自治区交通运输行业体制改革；会同有关部门培育和管理交通运输市场和交通基础设施建设市场，维护自治区交通运输行业的平等竞争秩序。
（八）指导公路、水路行业安全生产和应急管理工作。按规定组织协调自治区重点物资和紧急客货运输，负责自治区高速公路及重点干线路网监测和协调，承担交通战备工作。
（九）贯彻执行交通行业科技政策、技术标准和规范；组织重大科技开发，推动行业科技进步；引导交通运输行业优化结构、协调发展。指导交通运输信息化建设，监测分析运行情况，开展相关统计工作，发布有关信息；指导自治区交通运输行业环境保护和节能减排工作。
（十）指导交通运输行业的法制宣传、行政复议、行政应诉、行政执法和监督工作；指导交通运输行业职业教育和培训工作。
（十一）指导交通运输行业开展国际经济技术合作与交流及利用外资工作。
（十二）承办自治区人民政府交办的其他工作。
三、内设机构
根据上述职责，自治区交通运输厅设12个内设机构：
（一）办公室（党委办公室）
综合协调厅系统工作；协助管理厅机关日常事务；承办厅党委日常工作事务；组织起草综合性报告、文件；负责有关综合性会议的组织；负责新闻发布、文秘、信息、机要、保密、外事、信访、修志、文书档案管理、机关财务、督办、安全保卫、计划生育和机关服务等工作。
