项目指标主要考核水污染防治项目完成情况。考核项目包括水污染防治专项规划确定的饮用水源保护、工业污染控制、城镇污水和垃圾处理设施建设、农业面源污染整治、重点区域污染防治、河道和小流域整治、生态环境建设、环境监管能力建设等项目。水污染防治项目完成情况以相关行政主管部门的验收报告或认可文件为考核依据。考核结果分完成、调试、在建、前期、未启动五个等次。
第五条 考核总成绩和分项评定均采用百分制记分，其中，水质指标占考核权重的70%，项目指标占考核权重的30%。
水质指标得分，根据各有关设区市交接断面考核结果评定，分别按优秀（100分）、良好（80分）、合格（60分）、不合格（0分）计。
项目指标得分，按各水污染防治项目实施进展情况，以完成（100分）、调试（75分）、在建（50分）、前期（25分）、未启动（0分）计，并对所有列入考核的项目采用算术平均法进行综合评定，即：
项目指标得分＝（Nr×100＋Nd×75＋Nb×50＋Ne×25）/Np，其中：Nr、Nd、Nb、Ne和Np分别表示完成、调试、在建、前期项目数量和项目总数。
规划期第1年至第5年项目指标得分，分别乘以3.0、2.0、1.5、1.2、1.0系数后，再按考核权重纳入考核总成绩。
在进行项目指标完成情况现场核查时，如发现已完成项目运行不正常、规划停产项目擅自恢复生产、项目完成情况与自查报告不符等情况的，该项目考核得0分。
第六条 除水质指标和项目指标外，治理项目投资完成情况、重点排污单位废水达标排放情况、城镇污水处理率和生活垃圾无害化处理率及收费情况、饮用水水源地保护情况、在线监控设备安装运行及联网情况等作为附加考核内容，附加考核总分10分，考核结果计入考核总成绩。
第七条 各有关设区市政府每年年末对水污染防治专项规划实施情况进行全面自查。自查内容除水质指标和项目指标外，还应包括治理项目投资完成情况、排污单位废水达标排放情况、城镇污水处理率和生活垃圾无害化处理率及收费情况、饮用水水源地保护情况、在线监控设备安装运行及联网情况等。自查报告于当年12月底前报送省环境保护行政主管部门，同时抄送省发展改革、监察、财政、建设、水利行政主管部门。
第八条 省环境保护行政主管部门会同省发展改革、监察、财政、建设、水利行政主管部门及时组织对有关设区市的规划实施情况进行考核。考核采用现场核查、重点抽查等方式进行。考核结果于次年2月底前报省政府。
