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（二）人事科
承担局机关和直属事业单位的人事管理、机构编制、教育培训、精神文明建设和审计专业技术职称考评等工作；承办协管县级审计机关负责人的有关事项；办理局机关、直属事业单位人员出国的有关事项。
（三）法规科
研究财政经济方面的法律、法规和政策，提出有关建议；审理有关审计业务事项；承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担局机关行政复议、行政应诉、行政赔偿等工作；组织对局机关和县级审计机关审计业务质量的监督检查。
（四）财政审计科
组织审计市级预算执行和其他财政收支情况，组织审计县级人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况，开展相关专项审计调查。
（五）金融外资审计科
组织审计市国有金融机构和市人民政府规定的市国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益；审计市驻外非经营性机构的财务收支情况，依法通过适当方式组织审计市国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益情况；提供世界银行和亚洲开发银行援助、贷款上级审计机关授权项目的审计报告，开展相关专项审计调查。
（六）工商企业审计科
组织审计市国有企业和市政府规定的市国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益，开展相关专项审计调查。
（七）社会保障审计科
组织审计市政府主管部门、县政府管理和其他单位受县政府及其部门委托管理的社会保障基金，社会捐赠资金，开展相关专项审计调查。
（八）固定资产投资审计科
组织审计市政府投资和以市政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，开展相关专项审计调查。
（九）行政事业审计科
组织审计市人大常委会办公厅、市政协办公厅、党委各部门、政党组织、社会团体的财政财务收支；审计市人民政府有关部门和直属事业单位及其下属单位的财政财务收支；审计与财政有拨缴款关系的社会团体和其他单位的财政财务收支，开展相关专项审计调查。
（十）农业环保审计科
组织审计市人民政府主管部门和县人民政府管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金，开展相关专项审计调查。
（十一）经贸系统审计科
组织审计经贸系统单位及其下属单位财政财务收支情况，开展相关专项审计调查。
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