国土资源部门负责政策技术指导、项目区前后土地地类确认与变更、一户一宅认定、产权核实与变更、新增耕地验收、核定土地增减挂钩指标、建立土地增减指标调剂对接服务和设立指标使用台帐等工作。对使用增减挂钩指标的城镇建设用地的农用地转用和土地征收，开辟“绿色通道”，受理项目区安置用地的村民住宅申请。
区发改部门负责拆旧建新区项目的立项。
财政部门和审计部门负责农村土地整治资金收支情况监管，保障资金规范使用。
规划部门在与新一轮土地利用总体规划相衔接的基础上，负责组织编制和实施镇级规划，协助指导各镇编制村庄规划，加强新村建设的规划和设计指导。
建设部门负责提供住宅设计通用图。
农业部门负责农用地承包经营权的管理、建设用地复垦土壤改良的技术指导，参与项目新增耕地的验收工作和增减挂钩先行使用指标的审核。
民政部门负责拆旧区低保户、五保户等困难户的确认。
第二章 实施步骤
第七条 编制专项规划，建立项目库
区政府依据土地利用总体规划和镇、村庄建设规划，组织编制农村土地整治专项规划。利用土地利用现状调查等资料，对村庄现状、整治潜力、投入和效益等进行全面分析和评价，明确农村土地整治项目的位置、范围、规模和时序，建立农村土地整治项目库。
第八条 调查摸底，编制实施方案
镇人民政府应按照先易后难的原则，以“空心村”“空心房”整治和危旧房（棚户区）改造为重点，把项目库中复垦潜力大、投资成本低的村庄，优先纳入整治范围，按项目制订实施方案。实施方案内容包括：项目情况概述、土地整治规模及投资估算、农村居民点拆旧建新安排、村庄复垦耕地方案、资金来源与筹措办法、土地权属调整方案、实施计划与保障措施、地块面积数据表、图件（土地利用现状图、土地利用总体规划图、村庄复垦设计图和安置建新地块平面图）等。
第九条 召开村民代表大会，确认实施方案
镇人民政府组织召开村民代表大会，对被拆旧的房屋权属面积、补偿标准、新宅基地或安置房的安置方案等进行重点确认。实施方案经村民代表大会同意后，报区人民政府批准。
