（一）基层医疗卫生机构提供基本医疗服务，主要通过城镇职工基本医疗保险基金、城镇居民医疗保险基金、新型农村牧区合作医疗基金付费和个人付费进行补偿。基本公共卫生服务通过城乡基本公共卫生服务经费保障机制进行补偿。突发公共卫生事件处置任务，由政府按照服务成本核定补偿。
（二）提高基层医疗卫生机构就医诊疗报销比例。调整新型农村牧区合作医疗基金和城镇职工、居民基本医疗保险基金的报销比例，提高城乡居民在基层医疗卫生机构就医诊疗报销比例，在保证医疗卫生服务质量的前提下，引导城乡居民在基层医疗卫生机构就医。
（三）政府举办的苏木乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构的人员经费和业务经费等运行成本，通过服务收费和政府补助进行补偿。政府补助按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的办法核定。政府对一体化管理的嘎查村卫生室承担的基本公共卫生服务和药品零差率给予补助，按嘎查村农牧业户籍人口数核定嘎查村卫生室补助标准，即每1000个农牧业户籍人口（纯牧业旗600个户籍人口），每年补助乡村一体化管理的嘎查村卫生室8000元。所需资金除中央补助以外，自治区对人均财力水平较高的地区按照所需资金30%、人均财力水平中等的地区按照所需资金50%、人均财力水平较低的地区按照所需资金70%给予补助，其余部分由盟市、旗县（市、区）承担。（分担比例参照内政发〔2010〕1号文件执行，人均财力水平较高、中等、较低分别是指人均财力10万元以上、5.5万元-10万元、5.5万元以下）。基层医疗卫生机构实施绩效工资后，人员工资自治区每人每年补助3600元。
（四）由于实行基本药物零差率后，医疗保险费的药品费用负担相应减轻，各地可在确保政府原定医改投入不减少的前提下，积极探索用医疗保障基金合理补偿基层医疗卫生机构的办法。综合考虑基金承受能力，基金原支付的药品加成费用等因素，合理确定基本医疗保障基金补偿的具体规模和比例。
三、核定任务
基层医疗卫生机构主要提供基本医疗服务和公共卫生服务。
（一）基本医疗服务。主要包括提供常见病、多发病的初级诊治以及诊疗明确的慢性非传染性疾病的护理，提供急诊抢救及转诊转院服务等。
（二）公共卫生服务。主要包括提供基本公共卫生服务，包括建立居民健康档案、健康教育、预防接种、传染病防治、高血压、糖尿病等慢性病管理、重性精神疾病管理、儿童保健、孕产妇保健、老年人保健等，协助处置突发公共卫生事件，承担对嘎查村卫生室、社区卫生服务站的人员培训、技术指导等。
四、核定收支
（一）收入及其核定
1.基层医疗卫生机构收入构成。（1）经常性收入，包括医疗服务收入和基本公共卫生服务收入；（2）财政专项补助收入，包括基本建设经费和设备购置经费、承担突发公共卫生事件处置任务补助经费、人员培训和人才招聘经费以及符合国家政策规定的离退休费用等；（3）其他收入，包括基层医疗卫生机构从主管部门和上级单位取得的非财政补助收入以及上述规定范围以外的经营收入、社会捐赠、利息收入等。
2.基层医疗卫生机构收入核定。（1）经常性收入核定。医疗服务收入按照前3年医疗服务平均收入，综合分析物价、社会平均收入水平，综合考虑取消药品加成、限制药品使用范围、城乡医疗保险基金等保障制度调标、服务任务变化等影响医疗卫生收入的因素核定。其中，药品收入根据药品采购价格和用药数量核定；基本公共卫生服务补助收入根据服务人口、单位综合服务成本及核定的公共卫生服务任务的数量、质量核定。（2）财政专项补助收入核定。基本建设和设备购置等发展建设支出，由政府根据基层医疗卫生机构发展建设规划统筹安排；承担的突发公共卫生事件处置任务，由政府按服务成本核定补助；人员培训和人才招聘所需支出，由财政部门根据有关人才培养规划和人员招聘规划合理安排；符合国家规定的离退休人员经费，在事业单位养老保险制度改革前，由财政部门根据国家有关规定核定补助，事业单位养老保险制度改革后，按相关规定执行。（3）其他收入核定。由财政部门根据以前年度收入水平并综合考虑影响收入的特殊因素合理核定。
