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（三）财政审计科
负责对盟本级预算执行情况的审计；负责对旗（区）预算执行情况和决算的审计，组织开展相关审计调查；指导下级审计机关财政、税务审计业务。
（四）金融外资审计科
组织审计地方金融机构的资产、负债和损益；开展以政府融资和贷款项目审计和审计调查；授权审计中央、自治区驻我盟金融保险机构资产、负债、损益情况。负责审计国际组织和外国政府给我盟贷款、援款项目的财务收支；提供世界银行和亚洲开发银行给我盟贷款、援款项目的审计报告；审计我盟国有资产占控股或主导地位的中外合资、合作经营企业的资产、负债、损益情况；审计我盟国有企业境外投资的资产、负债、损益情况。指导下级审计机关金融和外资审计业务。
（五）行政事业审计科
组织审计与盟财政有拨款关系的盟委机关、人大机关、政协机关、法院机关、检察院机关及其他党派组织、社会团体的财政财务收支；负责审计盟行署部门、直属事业单位及其下属单位的财务收支和有关专项资金；组织开展相关专项审计调查；指导下级审计机关行政事业审计业务。
（六）农牧业与资源环保审计科
负责审计盟行署管理的农牧业专项资金、资源能源和生态环境保护资金，开展相关专项审计调查。负责审计由盟行署主管部门管理和受盟行署委托由社会团体管理的农牧林水、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；对全盟扶贫和农业综合开发资金的拨付、管理、使用情况的审计；组织开展相关专项审计调查；指导下级审计机关农业与资源环保审计业务。
（七）固定资产投资审计科
对以政府投资为主的经营性项目的预算执行情况和决算进行审计，加强对有关重点建设项目的审计监督；负责审计盟投资管理部门、有关国有施工企业的财务收支；开展专项审计和审计调查；负责政府投资的基础设施、公益性项目预算执行和决算以及与政府投资相应项目直接有关的建设、勘察、设计、施工、监理、采购、供货等单位财务收支的审计监督；实施政府有关投资项目预算、工程结算、竣工决算的审查和监督，审计监督政府有关投资项目工程招投标、合同、参建单位资质等；组织专项投资审计和审计调查；指导下级固定资产投资审计业务。
（八）经贸审计科
负责直接审计地方国有企业和国有控股企业、国有资本占主导地位企业，并组织对全盟国有及国有控股企业、国有资本占主导地位企业的审计；指导下级审计机关相应审计业务。
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