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（二）监督管理科
拟订全盟规划、开发建设项目环境管理的有关规定，并监督实施；组织实施各类规划与开发建设活动环境影响评价、“三同时”等各项环境管理制度；负责建设项目竣工环境保护验收工作。
（三）生态保护科
贯彻执行国家和自治区关于自然生态保护的法律、法规和规章；组织开展全盟生物多样性保护和生物安全管理工作；对全盟自然保护区实行统一监督管理；提出新建各类国家级、自治区级、盟级自然保护区报批、审批建议；监督管理国家、自治区和盟级自然保护区；监督实施自然资源开发环境保护工作；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护、荒漠化防治工作；组织审定环境功能区划；负责农村牧区生态环境保护，指导全盟生态示范区建设和生态农业建设；参与生态保护与建设类项目的环境影响评价和“三同时”等相关环境管理工作。
（四）污染控制科
组织并监督实施国家和自治区关于大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车污染防治法规和规章；组织开展环境形势分析，拟定水体、大气、噪声等专项环境功能区划，拟定重要饮用水水源地、重点区域、地下水污染防治规划并监督实施；监督管理饮用水水源地环境保护工作；组织实施污染源限期治理和达标排放等环境管理制度；组织协调和监督全盟污染防治工作；指导城乡环境综合整治，负责组织实施城镇环境综合整治定量考核工作；负责组织强制性清洁生产审核和推广工作；负责企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作；承办可用作原料的废物进出口许可工作。
（五）科技监测科
组织协调环境保护科学研究和技术引进；组织环境保护科技攻关和技术示范工程，管理环境保护科技成果；执行环境保护行业标准；组织推行环境管理体系和环境标志认证，组织实施环境保护资质认证制度；指导和推动全盟环境保护产业发展；根据国家有关方针、政策、法规承担辐射环境、放射性废物管理工作；参与辐射环境事故应急工作；负责危险废物经营许可、有毒化学品进出口登记等工作；拟订全盟环境保护规划、计划；负责环境统计工作，组织编制并发布环境统计年报和统计报告；审核城市总体规划中的环境保护内容；负责环保专项规划的审核工作；组织编制全盟环境状况公报；参与电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用等活动的环境影响评价和“三同时”等相关环境管理工作。
（六）总量办（重点污染源在线监控中心）
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