（5）纳税人有无预缴企业所得税的完税凭证，完税凭证上填列的预缴数额是否真实。跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人及其所属分支机构预缴的税款是否与《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》中分配的数额一致。
（6）纳税人企业所得税和其他各税种之间的有关数据是否相符、逻辑关系是否吻合。
（7）对采取电子申报方式进行汇算清缴申报的，应对申报数据进行审核，对数据填写错误，表间、表表勾稽关系不符合逻辑的，应通过留言板告知纳税人报表存在的具体错误及处理方法，并要求纳税人修改数据后重新进行纳税申报。对申报数据审核无误后，再导入CTAIS系统，以确保申报数据的质量。
（五）税款入库和抵、退税款
对于在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴所得税税款的，主管国税机关应在企业进行年度所得税申报时开具税收缴款书，补缴企业所得税税款；对于预缴税款超过应缴税款的，主管国税机关应及时按有关规定办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
（六）汇算清缴协同管理
各级国税机关应做好跨地区经营汇总纳税企业和合并纳税企业汇算清缴的协同管理。
1、总机构和汇缴企业所在地主管国税机关在对企业的汇总或合并纳税申报资料审核时，发现其分支机构或成员企业申报内容有疑点需进一步核实的，应向其分支机构或成员企业所在地主管国税机关发出有关税务事项协查函；该分支机构或成员企业所在地主管国税机关应在要求的时限内就协查事项进行调查核实，并将核查结果及时反馈总机构或汇缴企业所在地主管国税机关。
2、总机构和汇缴企业所在地主管国税机关收到分支机构或成员企业所在地主管税务机关反馈的核查结果后，应对总机构和汇缴企业申报的应纳税所得额及应纳所得税额作相应调整。
四、汇算清缴数据汇总及总结
各市国税机关应在6月30日前完成汇算清缴的数据审核汇总和资料归档工作，并按时向省局上报工作总结。
（一）汇算清缴数据汇总
各级主管国税机关应逐级汇总年度汇算清缴数据，并对汇总数据进行审核分析，确保汇缴数据质量。
1、加强对企业数据的逻辑性审核，根据申报表表间逻辑审核公式，重点审核企业基础信息、主附表之间数据之间勾稽关系，提高基础数据资料准确性。
