2、整改完善。对核查分析中发现的各类问题，各乡镇依据《
村民委员会组织法》、《
农村土地承包法》、《
森林法》、《
合同法》、《
物权法》和《
福建省农业集体经济承包合同条例》等有关法律法规和政策，结合当地实际，分门别类进行整改完善。
（1） 完善规范经济合同。各乡镇要对除集体土地家庭承包经营合同外的所有经济合同进行审核。对于不规范的合同，要在与承包者充分协商的基础上，通过签订补充协议加以完善；对于违反政策法规和显失公正的经济合同，要通过法定程序予以变更、撤销或解除。在清理规范合同的基础上，建立合同管理档案，监督合同履行情况。各类承包金要登记造册建档，已被拖欠的要组织力量依法进行追讨清收。
（2）妥善处理好被擅自占用的集体资产、资源。对未经合法程序，擅自占用集体资产、资源的单位和个人，要责令其停止侵权，然后依据有关规定妥善处理。
3、产权登记。对经乡镇审核通过的“三资”和合同清查处理结果要再次在政务、村务公开栏上进行公示，接受干部、群众监督。在此基础上，建立农村集体资产资源明细台账，对集体所有的资产资源进行登记、归档，据实反映资产资源的数量、种类以及经营使用情况。
（四）建章立制阶段
农村集体“三资”清理整顿后，必须建立相应的监督管理制度：
1、全面实行村集体会计委托代理制度。对少数未纳入乡镇村集体会计委托代理服务中心管理的村，有关乡镇要在坚持自愿的前提下，动员有关村纳入管理。各地要严格按照《福建省村集体会计委托代理制度暂行规定》，规范开展村集体会计委托代理工作。村集体会计委托代理工作要在坚持村集体资产所有权、资金使用权、财务审批权和基本核算单位“四不变”的前提下，实行“五统一”管理，即统一记账、统一制度、统一审核、统一公开、统一建档，严禁合并账户，严禁乡镇挪用村集体资金等侵犯村集体利益和村民民主权益的做法。
