第二阶段，2009年8月26日至11月26日，为关、拆、停阶段。禁养区内的所有规模畜禽养殖场必须在规定期限内搬迁、关闭、拆除完毕；禁建区内的所有规模畜禽养殖场必须要完成整改，实现达标排放；未达要求的一律由当地政府负责组织拆除。
第三阶段，2009年11月26日至12月31日，为巩固期提升阶段，要采取有力措施巩固治理成果，防止反弹。今后存栏50头以上养猪场必须开展环评，经环评审批后方能建设，未经环评审批建设的，要坚决予以取缔。家庭散养的养猪户，要开展“一池三改”（沼气池、改圈、改厕、改厨），实行相对集中饲养、污染集中处理。
3、严禁随意丢弃病死畜禽。畜禽养殖集中区域内的乡（镇）、村，要根据养殖规模和有关要求，科学布局建设无害化病死畜禽处理池，并配备专门工作人员，加强病死畜禽处置管理。
（二） 从严控制工业污染排放
1、严厉打击企业违法排污行为。加大环境执法力度，强化工业污染企业的治理和监督管理，组织对沿江所有排水企业进行全面核查，对沿江没有污染治理设施或不能达标排放的所有工业企业，于2009年7月31日前一律予以停产治理。
2、加大流域企业污染整治力度。严格控制重点流域沿江两岸的新、扩建增加氨氮、总磷主要污染物排放的项目。2009年底前修订完善《南平市人民政府关于规范萤石资源开发利用促进氟化工产业发展的实施意见》（南政综〔2008〕48号），合理规划布局邵武、建阳、浦城、顺昌、光泽等县（市）氟化工企业，对产能达不到要求的、治理不达标的氟化工企业，坚决给予取缔关闭。要进一步加大造纸、医药行业企业的环境监管力度，强化废水深度治理，确保废水稳定达标排放。对南纸股份有限公司，邵武市中竹纸业有限公司、南武夷特种纸业有限公司、华光特种工艺有限公司，建瓯市造纸厂、太平洋纸业有限公司、利树浆纸有限公司、恒丰纸业有限公司、临江造纸厂，松溪县富尔纸业有限公司、三维利纸业有限公司、贵祥纸业有限公司、东晟纸业有限公司，顺昌县麒麟记竹木工艺有限公司，光泽县中联纸业、佳和纸业有限公司，浦城县顺发造纸厂、万新造纸厂、德兴造纸厂，武夷山市旭日纸业有限公司，南平市湖光纸业有限公司，南平延平区华泰纸厂，南平富贵纸业有限公司、富兴纸业有限公司等24家造纸企业废水排放，必须严格执行《制浆
造纸工业水污染物排放标准》（GB3544-2008）；对浦城县正大生化有限公司、绿康生物有限公司、仁宏医药有限公司和建阳市三爱药业有限公司等4家制药企业废水排放，必须达到国家环境保护部、国家质量监督检验检疫总局发布的6项有关《制药工业水污染排放标准》，即GB21903-2008、GB21904-2008、GB21905-2008、GB21906-2008、GB21907-2008、 GB21908-2008。对未达到排放标准的企业，必须在2009年底前治理达标。
