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根据上述职责，云南省人民政府研究室机关设12个内设机构（正处级）和机关党委、离退休人员办公室。
（一）办公室
负责重要会议组织、文电处理、秘书事务、信息公开、督查、财务、档案、机要、保密、文印、车辆管理、接待、保卫、后勤服务等工作。
（二）综合发展处
承担政府工作报告起草及相关工作；起草或参与起草云南省人民政府主要领导重要讲话和文稿；参与中共云南省委、云南省人民政府重要会议的前期调研和会议文件的起草工作；对全局性、综合性的经济社会发展课题开展研究。
（三）宏观经济处
起草或参与起草云南省人民政府领导重要讲话和文稿；参与中共云南省委、云南省人民政府重要会议的前期调研和会议文件的起草工作；研究宏观经济发展态势及宏观调控政策。
（四）区域发展处
研究中长期经济发展战略及其相关政策；研究区域经济发展及生产力布局问题；研究重点地区重大项目开发、建设问题；研究生态建设与环境保护问题等；负责网评相关工作；起草或参与起草相关重要文稿。
（五）城镇发展处
研究城市化、城镇和社区建设，以及城市圈、城市群发展问题；参与研究经济体制、行政管理体制改革等问题；研究国家公园建设有关问题；起草或参与起草相关重要文稿。
（六）产业发展处
研究产业发展和产业政策问题；研究新型工业化发展战略、开发区及工业园区建设、推进高新技术与传统工业改造结合、节能减排和资源综合利用、非公有制经济发展等方面的问题；起草或参与起草相关重要文稿。
（七）农村发展处
研究农业、农村的改革发展问题；研究新农村建设、农业产业化和农民增收等问题；研究扶贫开发、兴边富民、县域经济发展问题，组织协调县域经济发展相关工作；起草或参与起草相关重要文稿。
（八）财贸金融处
研究财政、金融、税收方面的问题；研究固定资产投资、投融资平台建设、消费结构、市场运行及价格监管、交通、物流等方面的问题；研究旅游产业的发展及相关政策措施；起草或参与起草相关重要文稿。
（九）对外开放处
研究对外开放、对外贸易、对外经济技术合作及利用外资问题；负责云南省人民政府经济社会发展咨询团的日常工作；组织协调云南省人民政府波恩项目相关工作；起草或参与起草相关重要文稿。
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