拟订公路、水路管理实施细则，指导、监督基础设施管理工作；负责审核公路养护年度计划，监督养护计划执行和养护质量，统筹安排和监管公路养护资金；监测和协调高速公路及重要干线路网运行；负责安排公路灾害防治和抢修任务；协调路政管理工作；负责公路养护大中型改造维修工程项目的审核；承担公路标志标线管理工作；指导农村公路养护工作。
（八）安全监督处（应急办公室）
拟订有关公路、水路安全生产政策和应急预案；监督执行有关安全生产法律、法规、政策和标准；承担有关公路、水路运输企业安全生产监督管理工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；组织协调重点物资运输和紧急客货运输；负责有关抗震救灾工作。
（九）科技教育处
拟订公路、水路行业科技、教育发展规划和年度计划；组织实施重大科技项目；组织科技信息交流和重要科研项目的鉴定、评审；指导交通运输行业学校工作；负责行业职工教育培训。
（十）对外合作处
负责公路、水路对外交流与合作相关事务，配合有关国际公约的履约和协定的执行工作。
（十一）人事劳动处
负责机关和直属单位机构编制、人事工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；负责出国人员政审、侨务、统战、干部档案管理工作；承办行业内社会团体相关事务。
直属机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。
离退休人员办公室
负责机关和直属单位的离退休人员工作。
四、人员编制
云南省交通运输厅机关行政编制108名（含离退休工作人员编制5名）。其中，厅长1名、副厅长4名，正处级领导职数16名（含总经济师1名、总工程师1名、派出监事会主席1名、直属机关党委专职副书记1名、离退休人员办公室主任1名）、副处级领导职数20名（含离退休人员办公室副主任1名）。
五、其他事项
（一）云南省交通运输厅牵头，会同云南省发展和改革委员会、云南省工业和信息化委员会等部门建立综合运输体系协调配合机制。云南省发展和改革委员会负责综合运输体系规划与国民经济和社会发展规划的衔接平衡。云南省工业和信息化委员会配合协调综合运输计划的实施。云南省交通运输厅会同有关部门组织编制综合运输体系规划，承担涉及综合运输体系规划有关重大问题的协调工作，并负责公路、水运行业管理，编制专项规划，组织项目建设实施及运营安全管理。
