（三）承担道路、水路交通运输市场监管责任。组织制定道路、水路运输有关政策、准入制度、技术标准和运营规范的实施意见并监督实施。指导城乡客运及有关设施规划和管理工作，指导出租汽车行业管理工作。指导公共汽车、城市地铁、轨道交通的运营和汽车租赁。负责权限范围内汽车出入境运输、国际和国境河流运输及航道有关管理工作。
（四）承担公路、水路建设市场监管责任。组织拟订公路、水路工程建设相关政策、制度和技术标准及实施细则、办法并监督实施。组织协调公路、水路有关重点工程建设和工程质量、安全生产监督管理工作。负责监督交通基础设施建设资金的管理、使用。负责交通运输基础设施建设、养护、市场和收费的监督管理。负责路政管理，依法保护公路路产路权。
（五）承担权限范围内的水上交通安全监督管理责任。负责水上交通管制、船舶及相关水上设施检验、登记和防止污染、水上消防、救助打捞、通信导航、航道管理养护、船舶与港口设施保安及危险品运输监督管理工作。负责船员管理有关工作。指导本省管理水域水上交通安全事故、船舶及相关水上设施污染事故的应急处置，依法组织或参与事故调查处理工作。负责港口、码头、水运的行业管理。
（六）指导公路、水路行业安全生产和应急管理工作。按照规定组织协调重点物资和紧急客货运输，负责高速公路及重点干线公路网运行监测和协调，承担国防动员有关工作。
（七）指导交通运输信息化建设，监测分析交通运行情况，负责公路、水路交通运输行业综合统计，提供信息和咨询服务。指导交通运输行业科技开发、教育培训、环境保护和节能减排工作。指导交通行业协会、学会工作。
（八）协调中央垂直管理的海事、民航、邮政等涉及地方的有关工作，负责公路、水路对外交流与合作工作。
（九）指导交通公安工作；制定行业社会治安综合治理和维护稳定管理办法并监督实施。
（十）承办云南省人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，云南省交通运输厅机关设11个内设机构（正处级）和直属机关党委、离退休人员办公室。
（一）办公室
负责文秘、档案、信访、机要、政务信息、督办、接待和行业电子政务工作；负责组织重要会议，编写史志，起草重要报告及综合性文件；组织办理议案、提案；负责对外综合协调工作。
