限期治理期间，由环境保护行政主管部门责令限制生产、限制排放或者停产整治。限期治理的期限最长不超过一年；逾期未完成治理任务的，报经有批准权的人民政府批准，责令关闭。
第十五条 流域内万人以上城镇应设置生活污水处理设施，各县、区人民政府所在地的城镇必须修建生活污水二级处理设施。城市污水处理率应依时达到上级人民政府规定的要求。
第十六条 城市污水集中处理设施按规定向排污者提供污水处理实行有偿服务，向排污者收取污水处理费。污水处理费的收取和使用办法由市人民政府依照国家、省的有关规定另行制定。
第十七条 排入城市污水集中处理设施的工业废水，必须达到规定的进水水质标准。
第十八条 城市污水集中处理设施运营单位，应保证污水处理设施的正常运行，保证经处理后的污水达到规定的排放标准，对其产生的污泥进行无害化处理或综合利用；加强对出水水质的监测，定期向当地环境保护行政主管部门报告。
第十九条 禁止在流域内建设小型化学制浆造纸、制革、电镀、印染、染料、炼油、农药和其他污染严重的企业。
在东江干流和主要支流（西枝江、公庄河、沙河）两岸3公里范围内，凡设立开发区、工业区的单位，应对可能产生的水污染和生态环境影响作出评价，其环境影响报告书（表）须报惠州市环境保护行政主管部门审批。
第二十条 在东江及支流航行的船舶，必须按规定的时间安装油水分离装置，不得向水体排放或倾倒残油、废油和垃圾。
第二十一条 流域内的畜禽养殖场，必须对其产生的粪便等废弃物进行无害化处理，其废水必须经过处理达标后方能排放。
第二十二条 在流域沿岸新建港口、码头应设置残油、废油、含油废水和船舶垃圾等废弃物的回收和处理设施。已建港口、码头尚未设置回收和处理设施的，应在本规定颁布之日起一年内建成有关设施。
第二十三条 装卸、运输油类及有毒有害物品的船舶，以及利用码头、仓库或容器堆放、贮存上述物品的，应采取防溢、防渗、防漏、防散落等安全措施。
禁止在流域水体中清洗装贮过油类及有毒有害物品的车辆、船只、容器。
