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根据上述职责，省畜牧兽医局设8个内设机构：
（一）办公室（离退休干部处）。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密等工作；承担新闻发布和政务公开工作；负责机关离退休干部的管理和服务工作。
（二）规划财务处。
负责编制全省畜牧兽医中长期发展规划、年度基本建设计划、综合开发计划和财政专项资金计划；负责机关财务工作；负责直属单位内部审计和国有资产监管工作。
（三）动物检疫监督与兽医医政处。
贯彻国家关于动物卫生工作法律、法规；组织起草动物卫生地方性法规、规章；拟订全省动物卫生监督工作政策、规划；监督实施动物卫生技术规范和标准；负责动物卫生行政复议工作；负责动物防疫监督检查站和动物卫生派出机构的监督工作；负责全省兽医执业人员和兽医执业单位监督管理工作；组织动物医疗事故的技术鉴定；负责动物及动物产品的检疫；负责兽医行风建设工作。
（四）动物防疫处（重大动物疫病应急办公室）。
负责拟订重大动物疫病预防控制规划、计划和应急方案并组织实施；负责重大动物疫情的监测、预警预报，组织协调突发重大动物疫情的应急准备及紧急处置工作；负责重大动物疫情应急培训和重大动物疫病科普知识的宣传工作；负责省防治重大动物疫病指挥部办公室的日常工作；负责全省动物疫病预防和兽医公共卫生工作；拟订动物传染病和兽医公共卫生防治规划及措施。
（五）兽药饲料处（省饲料工作办公室）。
拟订饲料、兽药和无公害动物产品发展规划和计划，负责饲料、兽用生物制品安全、兽药产品及兽医器械质量监督检查工作；负责饲料生产企业设立条件审查和动物源性饲料安全卫生审查工作；组织实施饲料资源的保护工作；负责无公害动物产品监督管理工作。
（六）种畜禽管理处（畜产品安全监督管理处）。
拟订种畜禽发展战略和相关政策，编制发展规划和计划，指导结构调整和区域布局；负责全省种畜禽繁育体系建设等工作；负责地方畜禽良种资源保护、选育和种畜禽进出口的相关工作；贯彻执行国家畜产品质量安全法律法规；负责畜产品质量安全工作；负责奶畜饲养以及生鲜乳生产环节、收购环节的监督管理。
（七）畜牧产业处。
贯彻国家关于畜牧生产和畜产品加工的法律、法规；拟计畜牧业发展的具体政策、规划、计划并组织实施；指导畜牧业结构调整、标准化生产、规模饲养和畜牧业合作经济组织建设；负责畜牧业生产监测预警工作；推进畜牧业生产方式的转变和产业化经营。
（八）草原与科教处。
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