第十一条 禁止在万泉河的干流、支流投放饲料、使用药物从事渔业养殖。禁止在万泉河的干流、支流及水库、湖泊等水体内炸鱼、毒鱼、电鱼。
省和流域内市、县、自治县人民政府渔业行政主管部门应当每年向万泉河干流水域投放鱼苗，引导、组织社会自愿投放有利于万泉河水生生物生态系统的鱼苗和其他水生物种。
向万泉河流域水体引入外来动植物物种的，应当按照有关规定报省人民政府渔业行政主管部门批准，并经过科学论证和试验。
第十二条 省人民政府应当根据流域生态环境保护和社会经济发展需要，制定和调整流域内各河段的水质控制目标，并向社会公布。流域内市、县、自治县人民政府应当按照省人民政府确定的水质控制目标，控制所辖河段的水质符合水质控制目标。对两岸分属不同行政区域的河段，其水质控制目标由相关市、县、自治县人民政府共同负责控制。
对流域内市、县、自治县人民政府实行万泉河水环境保护目标责任制和考核评价制度。具体办法由省人民政府制定。
第十三条 对流域的重点水污染物实行排放总量控制制度。流域内市、县、自治县人民政府根据省人民政府下达的总量控制指标，组织制定本行政区域内万泉河河段的总量控制实施方案，将重点水污染物排放总量控制指标分解落实到排污单位，并向社会公布。确定万泉河河段的重点水污染物控制总量，应当符合该河段的水质控制目标要求。
对万泉河两岸分属不同行政区域的河段，以及需要特殊保护的河段，其重点水污染物排放控制总量，由省人民政府环境保护行政主管部门会同有关市、县、自治县人民政府确定。
第十四条 排污单位排放污染物，不得超过国家和本省规定的污染物排放标准，不得超过排放总量控制指标。医疗污水应当按照国家规定进行无害化处理后达标排放。
从事生产经营活动的单位和个人直接向万泉河排放废水、污水的，应当向其所在地的县级以上人民政府环境保护行政主管部门申请领取排污许可证；间接向万泉河排放工业废水、医疗污水的，也应当申请领取排污许可证。国家另有规定的，从其规定。
未经所在地市、县、自治县人民政府有关部门依法批准，不得直接向牛路岭水库排放工业废水和医疗污水。
