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市教育局：负责组织学校、托幼机构实施预防控制措施，收集学校、托幼机构的疫情信息和防控工作情况，会同卫生部门分析、研究学校防控的政策、措施，并组织实施；防止人感染猪流感在校内流行，做好在校学生、教职员工的宣传教育和防护工作。
市公安局：密切注视疫情动态和与疫情有关的社会动态；维持社会治安秩序，制定防控工作交通管制预案；协助实施对病人和密切接触者的隔离等应急处理预案；协助突发事件的调查处理。
市农林局：负责做好家畜、家禽疫病的防治和对人类密切接触的家畜、家禽的传染病监测；及时通报动物疫情；配合卫生部门做好农村预防控制传染病的有关工作以及在农村中开展健康教育和卫生知识宣传；查处违法贩运、销售和加工染疫野生动物的行为。
南京出入境检验检疫局：组织做好口岸的出入境卫生检疫、传染病监测、卫生监督和卫生处理工作，及时收集和提供国外传染病疫情信息。
市财政局：负责制定经费保障方案及相关政策，做好传染病应急储备物资的财政资金保障工作，保证传染病防控所需经费。
市委宣传部：负责把握好人感染猪流感防控工作的正确舆论导向和宣传报道，协调有关媒体开辟宣传专栏，加强公众的防治知识宣传教育。
市交通局：负责做好交通工具、站场、码头的清洁消毒，防止传染病通过交通工具传播；优先安排紧缺物资和人员的运输；协助公安部门做好突发事件发生地的交通运输预案；组织协调交通运输单位，按照卫生部门的工作指引，协助卫生等其他部门对乘坐交通工具的人员进行交通检疫、查验工作。
市食品药品监督管理局：负责药品、疫苗、诊断试剂、医疗器械等物资的质量监督；配合有关部门做好相关物资的储备和供应工作。
市发改委：根据“突发公共卫生事件应急物资储备目录”，负责组织应急疫苗、药品、医疗设备和器械、防护用品以及生活必需品的生产、储备和调度，保证供应，维护市场秩序，保持物价稳定。
市旅游局：组织旅游全行业认真做好人感染猪流感的防控工作；组织做好旅游团队及人员的宣传、登记、观察工作；通过驻外旅游办事处等渠道，及时收集世界旅游组织和主要客源国的反映，有针对性地做好工作。
市市容局（爱卫会）：负责做好传染病发生地垃圾的清运、处理，对染疫、染毒动物进行无害化处理；负责宣传发动群众，开展爱国卫生运动，做好除“四害”和病媒的控制工作，组织消杀队伍落实环境消毒；实施环境卫生综合整治，提高环境卫生综合质量。
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