第1项．船长除接到第17条第2项的通知外，必须在接受检验时将船舶开进检疫区域。
第2项．外国来日的飞机机长首次驾机在检疫机场着陆或着水时，必须直接将该飞机驶入检疫区域。
第3项．在前两项的情况下，因天气等原因，检疫所长指示该船舶等进入检疫区域以外地点时，该船舶、飞机的负责人必须按照指示行事。
第4项．第1项及第2项中的检疫区域由厚生大臣与国土交通大臣协商确定并对外公布，各检疫港及检疫机场至少有一个以上检疫区域。
第9条 检疫信号
船长为了接受检疫而将该船驶入检疫区域或根据上一条第3项之规定指定的地点时起至收到检疫合格证或临时检疫合格证时为止，根据厚生劳动省令的规定，该船舶必须悬挂检疫信号旗。船舶在港内停泊时，在收到根据第19条第1项的规定或根据该条第2项的规定临时检疫合格证失效的通知后，应立即将船舶退到港外，在没有收到新的检疫合格证或临时检疫合格证之前也是同样。
第10条 检疫的开始
船舶、飞机进入检疫区域或根据第8条第3项规定所指定的地点之后，除天气恶劣及其他不可抗拒的原因外，检疫所长必须立即开始检疫工作。但是，对于日落后驶入的船舶可在日出后进行检疫。
第11条 提交和呈示文件资料
第1项．接受检疫时，船舶、飞机的船长或机长必须向检疫所长提交说明船舶或飞机的名称、登录编号、起航地、停靠地及厚生劳动省令规定的事项的报告书。但是，临时检疫证失效后接受检疫时，如果检疫所长不做要求就可以不提交上述文件资料。
第2项．检疫所长可以要求船舶、飞机的船、机长提交下述第1款至第3款所规定的文件资料，出示第4款或第5款所规定的文件资料。
（1）乘务人员名单；
（2）乘客名单；
（3）装货清单；
（4）航海日志或航空日志；
（5）其他检疫所需的文件资料。
第12条 询问
检疫所长可以向乘坐该船舶、飞机来日的人员及领航员和其他该船舶、飞机来日后乘坐的人进行必要的询问，或者让检疫官从事上述询问工作。
第13条之一 诊察与检查
第1项．检疫所长针对检疫对象的传染病，可对上条所规定的人员进行诊察，以及检查船舶、飞机内有无病原体，或者让检疫官进行上述诊察、检查工作。
第2项．检疫所长对于前项的检查如认为有必要，可以进行尸体解剖，或让检疫官进行上述检查工作。在这种情况下，有必要进行解剖查明死因，且因死者遗属住址不明或遗属远在外地等，如果等其遗属同意后就无法达到解剖目的时，可以不经其遗属同意就进行解剖调查。
第13条之二 卸货等的指示
检疫所长认为难以在该船舶、飞机上对于该船舶、飞机装载的货物进行上一条第1项规定的检查时，为了进行该项检查可以要求该船舶、飞机的船、机长将货物卸到或搬出到检疫所长指定的地点。
第14条 针对受到污染的或有可能已受到污染的船舶、飞机的措施
第1项．对于从检疫对象传染病流行地区起航或在该地区停靠过的来日船舶等、在航行中出现检疫对象传染病的患者或死者的船舶等、发现有检疫对象传染病的患者或尸体及带有或可能有带有鼠疫菌的老鼠的船舶等、受到其他检疫对象传染病的病原体污染或可能受到污染的船舶等，在认为合理的必要的限度内，检疫所长可以全部或部分采取下述措施。
