第3项：进入日本的船舶等的长官，在获第16条第2项许可的乘务员乘坐该船舶等时，在船舶等每次到达出入境港时，都要迅速向出入境港的入境审查官报告该乘务员的姓名或法务省令规定的其他事项。
第4项：离开日本的船舶等的负责人，在船舶等离开的出入境港入境审查官提出要求时，应就下列事项进行报告：根据第15条第1项规定获过境登陆许可者是否返回船舶、获乘务员登陆许可人员中应该乘坐该船舶者是否已经乘坐、是否有违反第25条（1）第2项和第60条第2项规定的欲离境人员乘坐。
第58条：防止登陆的义务
进入日本的船舶等的负责人如得知前条第2项规定的外国人乘坐其船舶时，应阻止该外国人登陆。
第59条：送还义务
第1项：符合下列各款之一的外国人乘坐的船舶等的负责人或经营船舶等运营的运输业者，应利用其船舶等或属于该运营者的其他船舶等，并承担责任与费用，迅速将该外国人遣送至日本以外的地区。
第1款：根据第3章第1节或第2节的规定被拒绝登陆者。
第2款：符合第24条第5款至第6款情况之一而被强制离开日本者。
第3款：除前面各项规定的人员外，在登陆后5年内因符合第24条各款情况之一而被强制离境的人员中，在其登陆时该船舶等的负责人或运输业者判明存在强制离境理由者。
第2项：在前项情况下，如该运输业者无法用该项规定的船舶等将该外国人送还，应承担费用与责任，并迅速将其送至其他船舶等。
第3项：尽管有前2项的规定，但根据这些规定船舶等的负责人或运输业者应承担的责任与费用中，持有效护照获日本领事官签证者的下列费用可以全部或部分免除：符合第1项第1款规定的外国人在法务省令规定的指定设施停留而伴随的费用（该指定设施是第13条（2）第1项规定的可以滞留的场所）。
第7章 日本人的出境及回国
第60条：日本人的出境
第1项：欲赴日本以外地区而出境的日本人（乘务员除外）必须持有效护照，并在出境的出入境港按法务省令规定的手续接受入境审查官的出境确认。
第2项：前项日本人如得不到出境确认就不能出境。
第61条（1）：日本人的回国
从日本以外的其他地区回国的日本人（乘务员除外）须持有效护照（如无有效护照时则应有证明拥有日本国籍的文件），在该人登陆的出入境港，按法务省令规定的手续，接受入境审查官的回国确认。
第7章 （2）难民认定等
第61条（2.1）：难民的认定
第1项：在日本的外国人按法务省令规定的手续提出申请时，法务大臣可根据其提交的资料，对其进行难民认定（以下称“难民的认定”）。
第2项：前项申请须在此人进入日本之日（在日本成为难民者，自获知有关事实之日）起60日以内提出。
但存在不得已的情况时，不受此限制。
第3项：法务大臣在进行第1项认定时，应按法务省令规定的手续，向该外国人发放难民认定证明书，如没有认定，则可用附加理由的书面文件，通知该外国人。
第61条（2.2）：取消难民认定
第1项：滞留日本的外国人中，获得难民认定者符合下列各款情况之一者，法务大臣可以取消其难民资格。
第1款：符合难民条约第1条Ｃ（1）至（6）的情况之一者。
第2款：被认定为难民后，又出现难民条约第1条F（a）及（c）所示行为者。
第2项：法务大臣根据前项规定取消认定的难民资格时，可以用附加理由的书面文件通知该外国人，同时发布该外国人难民认定说明书、难民旅行证明失去效力的官方公报。
第3项：接到前项规定的取消难民资格的通知后，持有难民认定证明书、难民旅行证明书的外国人应迅速将这些证明书返还给法务大臣。
第61条（2.3）：调查事实
第1项：在法务大臣仅凭第61条（2．1）第1项规定提交的资料可能无法恰当进行难民认定时，或为进行难民认定或取消难民认定有必要的情况下，可让难民调查官调查有关事实。
第2项：如有必要进行前项调查，难民调查官可要求有关人员到场接受询问，或提交有关文件。
第3项：关于第1项的调查，法务大臣或难民调查官可照会公务机关或公共、私人团体，要求其报告必要事项。
第61条（2.4）：提出异议
不服下列处理的外国人，可分别在接到通知之日起7日之内，按法务省令规定的手续，提交记载不服理由的书面文件，向法务大臣提出异议。
此种情况下，可根据行政不服审查法（1962年法律第160号）提出不服申诉：
第1款：未被认定为难民。
第2款：根据第61条（2．2）第1项规定取消难民资格。
第61条（2.5）：难民定居许可特别规定
如被认定为难民者提出第22条（1）第1项的定居申请，尽管有该条第2项正文的规定，即使不符合该项第2款的规定，也可予以同意。
第61条（2.6）：难民旅行证明书
第1项：滞留日本的获难民认定的外国人如欲离开日本，法务大臣可按法务省令规定的手续，根据其提出的申请，向其发放难民旅行证明书。
但如法务大臣认为该人有可能做出损害日本利益或公共安全的行为时，不能向其发放难民旅行证明书。
第2项：前项难民旅行证明书有效期为1年。
第3项：获第1项的难民旅行证明者，可在该证明的有效期内进出日本。
此种情况下，入境时不需要第26条规定的再入境许可。
第4项：前项情况下，如法务大臣认为有特别的必要，可在3个月以上、一年以下的范围内，为凭难民旅行证明入境者规定期限。
第5项：对于获第1项难民旅行证明的出境者，如法务大臣有充足的理由认为其无法在证明书有效期内入境，可以根据本人的申请，延长该证明书的有效期，时间不超过6个月。
第6项：上述延期工作应委托日本领事官等办理，并在难民旅行证明书上加以记载。
第7项：如法务大臣认为获第1项难民旅行证明者有可能出现损害日本利益或公共安全的行为时，可在其滞留日本期间，按法务省令的规定命其在一定期间内返还所持有的难民旅行证明书。
第8项：按前项规定返还的难民旅行证明在返还时失效，未在期限结束前返还的在过期时失效。在此种情况下，如未能在期限结束前返还时，法务大臣可发布官方公告宣布该难民旅行证明失效。
第61条（2.7）：发放强制离境命令时伴随的返还难民认定证明书等工作
滞留日本的外国人中获难民认定者，如根据第47条第4项、第48条第8项或第49条第5项规定，或在办理以第63条第1项规定为基础的强制离境手续时收到强制离境命令，该外国人应立即将所持有的难民认定证明书及难民旅行证明书退还给法务大臣。
第61条（2.8）：法务大臣有关难民裁决的特例
如第49条第1项规定中提出异议者为获难民认定者时，除第50条第1项规定的情况外，法务大臣在进行第49条第3项的裁决时，即使认定异议的提出不合情理，也可特别允许其滞留日本。
此种情况下，适用第50条第2项及第3项的规定。
第8章 补充规则
第61条（3.1）：入境审查官
第1项：在入境人员收容所及地方入境管理局应设入境审查官。
第2项：入境审查官应处理以下事务：
第1款：有关登陆及强制离境的审查及口头审理工作。
第2款：发放收容令及强制离境命令。
第3款：临时释放收到收容令和强制离境命令而被收容者。
第4款：调查难民认定工作的有关事实。
第3项：地方入境管理局设置的入境审查官可在必要时，在该地方入境管理局辖区外执行公务。
