第49条 公私场所不遵行主管机关依本法所为停工或停业之命令者，处负责人一年以下有期徒刑、拘役或科或并科新台币二十万元以上一百万元以下罚金。
不遵行主管机关依第三十二条第二项、第六十条第二项所为停止操作、或依第六十条第二项所为停止作为之命令者，处一年以下有期徒刑、拘役或科或并科新台币二十万元以上一百万元以下罚金。
第50条 法人之代表人、法人或自然人之代理人、受雇人或其它从业人员，因执行业务犯第四十六条、第四十七条、第四十八条第一项或第四十九条第二项之罪者，除依各该条规定处罚其行为人外，对该法人或自然人亦科以各该条之罚金。
第51条 公私场所未依第八条第三项规定削减污染物排放量或违反依第八条第五项所定污染物削减量差额认可、保留抵换及交易办法者，处新台币二万元以上二十万元以下罚锾；其违反者为工商厂、场，处新台币十万元以上一百万元以下罚锾。
依前项处罚锾者，并通知限期补正或改善，届期仍未补正或完成改善者，按日连续处罚；情节重大者，得命其停工或停业，必要时，并得废止其操作许可证或令其歇业。
第52条 公私场所违反第六条第一项者，处新台币二万元以上二十万元以下罚锾；其违反者为工商厂、场，处新台币十万元以上一百万元以下罚锾，并命停工。
第53条 公私场所违反第十四条第一项或依第二项所定之办法者，处新台币十万元以上一百万元以下罚锾；情节重大者，并得命其停工或停业。
交通工具使用人违反第十四条第一项或依第二项所定之办法者，处使用人或所有人新台币一千五百元以上三万元以下罚锾。
第54条 违反第十五条规定者，处开发单位新台币五十万元以上五百万元以下罚锾，并通知限期改善，届期仍未完成改善者，按日连续处罚。
第55条 未依第十六条第二项所定收费办法，于期限内缴纳费用者，每逾一日按滞纳之金额加征百分之0五滞纳金，一并缴纳；逾期三十日仍未缴纳者，处新台币一千五百元以上六万元以下罚锾；其为工商厂、场者，处新台币十万元以上一百万元以下罚锾，并限期缴纳，届期仍未缴纳者，依法移送强制执行。
前项应缴纳费用及滞纳金，应自滞纳期限届满之次日，至缴纳之日止，依缴纳当日邮政储金汇业局一年期定期存款固定利率按日加计利息。
第56条 公私场所违反第二十条第一项、第二十一条、第二十二条第一项、第二项或第三项、第二十三条、第二十四条第一项或第二项未依许可证内容设置、变更或操作、第二十五条、第二十七条第二项核准之排放标准或依第二十四条第三项、第二十七条第三项所定管理办法者，处新台币二万元以上二十万元以下罚锾；其违反者为工商厂、场，处新台币十万元以上一百万元以下罚锾。
依前项处罚锾者，并通知限期补正或改善，届期仍未补正或完成改善者，按日连续处罚；情节重大者，得命其停工或停业，必要时，并得废止其操作许可证或令其歇业。
第一项情形，于同一公私场所有数固定污染源或同一固定污染源排放数空气污染物者，应分别处罚。
第57条 公私场所未依第二十四条第一项或第二项取得许可证，径行设置、变更或操作者，处新台币二万元以上二十万元以下罚锾；其违反者为工商厂、场，处新台币十万元以上一百万元以下罚锾，并命停工及限期申请取得设置或操作许可证。
第58条 违反第二十八条第一项规定或依第三项所定管理办法者，处新台币五千元以上十万元以下罚锾；其违反者为工商厂、场，处新台币十万元以上一百万元以下罚锾。
依前项处罚锾者，并通知限期补正或申报，届期仍未遵行者，按日连续处罚；情节重大者，得令其停工或停业，必要时，并得废止其贩卖或使用许可证或勒令歇业。
