第24条 依本法申请查验登记、临床试验、许可证之核发、展延或项目申请者，应缴纳审查费、登记费或证照费；其费额，由中央主管机关定之。
第25条 中央主管机关得奖励罕见疾病药物之供应、制造及研究发展；其奖励对象、方式及被奖励者应遵行事项之办法，由中央主管机关定之。
第26条 擅自制造、输入未经许可之罕见疾病药物者，或明知未经许可之罕见疾病药物，而贩卖、供应、调剂、运送、寄藏、牙保、转让或意图贩卖而陈列者，依药事法第八十二条、第八十三条规定处罚之。
第27条 违反第十六条规定者，处新台币三万元以上十五万元以下罚锾；其情节重大者，药商于二年内不得再申请该药物之查验登记，并得处医疗机构一个月以上一年以下停业处分。
第28条 申请罕见疾病药物查验登记或展延登记，提供不实之书证资料者，处新台币二万元以上十万元以下之罚锾，二年内不得再申请该药物之查验登记；其已领取该药物许可证者，撤销之；其涉及刑责者，移送司法机关办理。
第29条 违反第十九条第一项规定，将项目申请之罕见疾病药物充作营利用途者，处新台币三万元以上十五万元以下罚锾；其获取之利益，没入之；二年内并不得再行提出罕见疾病药物之项目申请。
第30条 违反主管机关依第二十条规定令其限期回收之命令者，处新台币三万元以上十五万元以下罚锾，并按次连续处罚至回收为止。
第31条 违反第二十一条第二项规定，药商处新台币一万元以上五万元以下之罚锾；项目申请者，其再申请罕见疾病药物，中央主管机关得不予许可。
第32条 本法所定之罚锾，由中央及直辖市主管机关处罚之。
前项罚锾经限期缴纳，届期不缴纳者，移送法院强制执行。
第33条 中央主管机关应编列预算，补助依全民健康保险法依法未能给付之罕见疾病诊断、治疗、药物与维持生命所需之特殊营养食品费用。其补助方式、内容及其它相关事项之办法，由中央主管机关定之。
