5．本议定书的任何规定均不得以任何方式影响各国对其领海所拥有的主权及其根据国际法对其各自的专属经济区和大陆架所拥有的管辖权和权利。
6．尽管有本条第1款的规定，且在不违反本条第2款的情况下：
（ａ）本议定书不应适用于发生于本议定书对有关缔约方生效之前的危险废物或其他废物越境转移所造成的损害；
（ｂ）只有在出口国或进口国或两者均已根据《公约》第3条的规定就属于《公约》第1条第1款（ｂ）项范围内的废物发出了通知、有关损害系发生于已将此种废物定义为危险废物或认定它们属于危险废物的一国包括过境国的国家管辖范围内的某一地区、且满足《公约》第3条的要求的情况下，本议定书才应适用于因此种废物的越境转移过程中所发生的事件而造成的损害。在此种情形下，应依照本议定书第4条的规定确定应由何者承担严格赔偿责任。
7．（ａ）本议定书不应适用于因根据以《公约》第11条为依据缔结的并已就此发出了通知的双边、多边或区域协定或安排进行的危险废物或其他废物越境转移过程中所发生的事件而造成的损害，但条件是：
（ｉ）损害系发生于此种协定或安排的任何缔约方的国家管辖范围内的某一地区；
（ｉｉ）目前存在着具有效力的、且适用于因此种越境转移或处置所造成的损害的责任与赔偿制度，但条件是此种责任与赔偿制度通过对遭受损害者提供有力的保护从而充分满足或超过了本《议定书》的目标；
（ｉｉｉ）在某境内发生了损害的第11条协定或安排的缔约方先前已向保存人通报了本议定书不适用于因本项所述及的转移或处置过程中的某一事件而在其国家管辖范围内某一地区造成的任何损害；
（ｉｖ）第11条协定或安排的缔约方并未宣布本议定书应予适用。
（ｂ）为了增强透明度，已向保存人通报说明本议定书不予适用的缔约方应向秘书处通报本款第（ａ）（ｉｉ）项所述及的、适用的责任与赔偿制度，并在通知中列入对该项制度的介绍说明。秘书处应定期向缔约方大会提交关于收到此种通知的简要报告；
（ｃ）在依照第（ａ）（ｉｉｉ）项发出通知后，即不得根据本议定书针对适用于第（ａ）（ｉ）项的损害提出索赔诉讼。
8．本条第7款中所作排除性规定即不应影响并非上述协定或安排的当事方的缔约方依照本议定书所享有的任何权利或承担的任何义务，亦不应影响非本议定书缔约方的过境国的权利。
9．第3条第2款不应妨碍对所有缔约方适用第16条。
第4条 严格赔偿责任
1．依照《公约》第6条发出通知者应对损害负赔偿责任，直至处置者接管有关危险废物或其他废物时为止。其后处置者应对损害负赔偿责任。如出口国系发出通知者或在未发出任何通知的情况下，则出口者便应对损害负赔偿责任，直至处置者接管有关危险废物或其他废物时为止。关于本议定书第3条第6（ｂ）款，《公约》第6条第5款应在细节上作必要修改后予以适用。其后处置者应对损害负赔偿责任。
