第十条 地区反恐怖机构
2001年6月15日签署的《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》参加国的地区反恐怖机构是本组织常设机构，设在比什凯克市(吉尔吉斯共和国)。
该机构的基本任务和职能，其成立、经费原则及活动规则由成员国间签署的单独国际条约及通过的其他必要文件来规定。
第十一条 秘书处
秘书处是本组织常设行政机构。它承担本组织框架内开展活动的组织技术保障工作，并为组织年度预算方案提出建议。
秘书处由主任领导。主任由国家元首会议根据外交部长会议的推荐批准。
主任由各成员国公民按其国名俄文字母排序轮流担任，任期3年，不得连任。
副主任由外交部长会议根据国家协调员理事会的推荐批准，不得由已任命为主任的国家产生。
秘书处官员以定额原则为基础，由雇佣的成员国公民担任。
在执行公务时，秘书处主任、副主任和其他官员不应向任何成员国和(或)政府、组织或个人征求或领取指示。他们应避免采取任何可能影响其只对本组织负责的国际负责人地位的行动。
成员国应尊重秘书处主任、副主任和工作人员职责的国际性，在他们行使公务时不对其施加影响。
本组织秘书处设在北京市(中华人民共和国)。
第十二条 经费
本组织有自己的预算，根据成员国间的专门协定制定并执行。该协定还规定各成员国在分摊原则基础上给组织预算缴纳年度会费的比例。
根据上述协定，预算资金用于本组织常设机构的活动。成员国自行承担本国代表和专家参加组织活动的费用。
第十三条 成员
本组织对承诺遵守本宪章宗旨和原则及本组织框架内通过的其他国际条约和文件规定的本地区其他国家实行开放，接纳其为成员国。
本组织吸收新成员问题的决定由国家元首会议根据国家外交部长会议按有关国家向外交部长会议现任主席提交的正式申请所写的推荐报告作出。
如成员国违反本宪章规定和(或)经常不履行其按本组织框架内所签国际条约和文件承担的义务，可由国家元首会议根据外交部长会议报告作出决定，中止其成员国资格。如该国继续违反自己的义务，国家元首会议可做出将其开除出本组织的决定，开除日期由国家元首会议自己确定。
