第六条 县级农业行政主管部门根据项目申报指南编制项目申报书，主要包括必要性、可行性、项目目标、项目内容、资金测算、预期效益、保障措施等内容，上报省级农业行政主管部门。省级农业行政主管部门负责项目初审、筛选、上报。
第七条 农业部组织专家对项目申报书进行评审，审批立项，并与项目承担单位签订项目任务书。项目任务书主要包括立项背景、项目目标、实施计划、实施地点与规模、技术路线、主要内容与考核指标、经费概算、参加人员等内容。
第八条 对已批复下达的项目，项目承担单位按照项目任务书组织实施，不得随意调整项目内容、补贴标准、项目规模和项目地点等，如确需进行调整，必须报农业部批准。
第三章 资金的拨付和使用
第九条 项目资金按照国家财政资金拨付有关要求，拨付到省级农业行政主管部门，省级农业行政主管部门要根据项目实施情况，及时拨付到项目承担单位。
第十条 县级农业行政主管部门作为项目承担单位，必须按照批复的项目预算和内容组织实施，并按照有关要求，积极推行招投标和政府采购。
第十一条 项目实施村应制定村规民约，规范农民日常生活、生产行为，推行垃圾定点存放，鼓励有机肥还田，合理施用化肥、农药，从源头防治农村环境污染。
第十二条 乡村清洁工程项目期原则上为一年，特殊地点可以续建。凡纳入计划的项目，要按期完成，并达到规定的项目标准。
第十三条 乡村清洁工程以自然村为基本单元，乡村清洁工程项目村的经济水平和生产、生活条件在当地应具有代表性，能够起到示范带动作用。项目村应尽可能集中连片，形成规模。按照每个自然村100户计算，中央资金补贴标准为每个村15～20万元。
第十四条 项目资金主要用于乡村清洁工程的技术物化设备和材料，项目主要内容如下：
