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渔业装备与工程技术领域。加强集约化养殖设施、水产品加工技术装备、现代远洋捕捞装备和综合配套技术以及渔业工程技术研究，进行新技术、新材料系统集成研究和技术运用，发展安全、节能、环保、系统配套性强、有利于产业化的渔业装备及设施，提高我国渔业装备和工程技术的总体水平，推动产业化进程。
渔业信息化领域。利用现代信息技术手段，加强渔业信息化技术开发与应用研究，建立渔业信息共享体系、渔业资源环境监测预警系统和渔业生产智能系统，提高渔业信息化程度，为全面提高渔业宏观管理决策水平和渔业信息化综合服务管理效率提供系统的技术支撑。
（二）“十一五”期间重点任务
努力争取国家重大基础性研究、国家高新技术研究、科技基础条件平台和社会公益性研究等计划对渔业科技的支持，重点部署、实施国家科技支撑、行业科研专项、“948”引进计划、跨越计划及农业科技入户示范工程等渔业项目。紧扣渔业发展重大技术需求，确定科技创新方向；瞄准渔业生产技术瓶颈，组织关键技术攻关；针对科技成果转化难题，实施科技示范工程；围绕渔业公益性服务功能，开展公益性基础工作；不断增强我国渔业科技创新与应用能力。
1. 主攻六大创新方向
为提高渔业科技自主创新能力，引领和支撑现代渔业发展，当前和今后一个时期，要紧紧围绕行业发展的重大技术需求，重点在“水产主导品种培育、重大疫病防控、健康养殖、水产品质量安全控制、水生生物资源合理利用与生态环境保护、渔业节能减排技术”等六大方向上开展自主创新、集成创新和引进消化吸收再创新，努力解决渔业生产中的关键技术问题，为行业发展提供有力的科技支撑。
2. 整合四大科研攻关项目
围绕“十一五”时期渔业中心任务和行业发展的重大科技需求，按照科技立项渠道和相关要求，在上述六大创新方向的基础上，整合提出“养殖水产品质量安全、水产品加工、水生生物资源评价与养护以及渔业节能减排关键技术研究与示范”等四大渔业科研攻关项目，向国家有关部门争取支持，加快提升我国渔业科技创新能力和水平，切实发挥科技对现代渔业发展的引领和支撑作用。
--养殖水产品质量安全保障技术研究与示范项目。针对日益凸显的水产品质量安全问题，以保障水产品质量安全和水域生态安全、促进渔业增效和渔民增收为目标，以优势区域布局为重点，以大宗淡水鱼、罗非鱼、对虾、贝类、鲆鲽鱼、大黄鱼、鳗鱼等主导水产品为主攻对象，以提升养殖全程质量安全水平为主线，加快品种改良和新品种推广，创新健康养殖模式，实行标准化养殖，突破水域生态调控、重大疫病防控、环保型配合饲料开发、水产药物（疫苗）开发、药物代谢与残留控制和水产品质量追溯等重大关键技术，加强技术集成与示范，建立水产品优质化、标准化、产业化生产模式，全面提升我国水产养殖产业素质和国际竞争力。
--水产品加工关键技术研究与产业化示范项目。针对水产品加工增值的关键技术难题，以渔业增效、渔民增收为目标，以提高水产加工品质量和增加水产品附加值为主线，以淡水鱼、海洋贝类、对虾等大宗和优势出口水产品为主要研究对象，大力发展水产品精深加工技术，重点研究水产品加工酶工程技术、微生物技术、冷杀菌技术、液熏技术和膜分离技术等高新技术，开发水产品深加工系列化产品和加工装备，配套完善加工生产线，提高水产品加工产业化水平，为增强我国水产品的国际市场竞争力提供技术支撑。
--重点水域水生生物资源评估与养护技术研究项目。为维护我国海洋渔业权益，保护我国专属经济区利益，重点研究我国与周边国家相邻海域和长江水生生物资源评价与养护关键技术，针对有重大经济价值和重要生态功能的水生生物种类，开展产卵场、育肥场、索饵场和洄游通道等关键场所的地理分布、种群结构、区系构成及其动态变化规律研究，探明经济物种的资源总量和可捕量，查明资源量变动状况，研究大型水利工程等人类活动和环境变化对水生生物资源关键要素的影响，开展珍稀濒危物种驯养繁育核心技术攻关，突破濒危水生物种保护关键技术，建立相关信息集成和共享系统平台，为养护和合理利用水生生物资源、保护水域生态环境、维护国家渔业资源权益提供重要支撑。
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