外交部：做好鼠疫应急处理的有关涉外事务，协助职能部门向相关国际组织及有关国家通报情况、接待国际组织考察、争取国际援助等方面工作。
交通部、铁道部、民航总局：按《
国内交通卫生检疫条例》及其实施办法，负责各自职责范围内的交通卫生检疫工作，优先运送疫情处理人员、药品器械和有关物资。
质检总局：涉及国境卫生检疫时，按《
中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则的规定办理。
农业部：负责做好疫区家畜的鼠疫动物病防疫和动物防疫监督工作。
商务部：负责疫区重要生活必需品的应急供应工作。
林业局：负责疫区野生动物异常情况的监测，并在疫情发生时，协助做好疫情发生地的隔离工作。
公安部：协助做好鼠疫疫区封锁，加强疫区治安管理和安全保卫工作。
工商总局：加强市场监管，严把市场主体准入关，严厉查处集贸市场上非法收购、出售和加工旱獭等鼠疫宿主动物及其产品的单位、个人。指导集贸市场开办者和有关动物及产品经营者搞好自律管理。
财政部：做好鼠疫控制应急资金的安排并及时拨付，加强资金管理监督。
民政部：对符合救助条件的鼠疫患者提供医疗、生活救助。
科技部：协助提供鼠疫疫区处理所需技术，支持相关科学技术研究。
教育部：对学生进行鼠疫防治知识宣传教育。
中央宣传部、新闻办：按照疫情控制的统一部署和有关部门、地方的请求，做好疫情处理的宣传报道。宣传鼠疫防治知识，提高公众防疫与保健意识。
信息产业部：组织和协调各基础电信运营企业予以积极配合，保障疫情控制期间疫区的通信畅通。
旅游局：组织旅游全行业认真做好鼠疫疫情的预防和应急处理工作。
红十字总会：充分发挥志愿者作用，协助相关部门在企业、社区、乡村、学校等广泛开展鼠疫预防知识的宣传普及工作，提高公众的防护意识。
中国人民解放军和武装警察部队应完成营区内的疫情处理任务，并协助和支持地方做好疫情控制工作。
其他有关部门根据本部门职责和鼠疫应急处理的需要，组织做好紧急物资的进口、市场监管、污染扩散的控制及国家鼠疫应急指挥部交办的相关工作等。
2.1.2 地方鼠疫应急指挥部的组成和职责
地方鼠疫应急指挥部由相应级别人民政府有关部门组成，地方各级人民政府分管卫生工作的负责人担任总指挥，负责对本行政区域内鼠疫疫情应急处理的协调和指挥，做出本行政区域内鼠疫疫情处理的决策，决定拟采取的重大措施等事项。相应职责如下：
（1）组织协调有关部门参与鼠疫应急处理工作。
