二是专项转移支付。是指中央财政为实现特定的宏观政策及事业发展战略目标，以及对委托地方政府代理的一些事务进行补偿而设立的补助资金。地方财政需按规定用途使用资金。专项转移支付重点用于教育、医疗卫生、社会保障、支农等公共服务领域。
2006年中央财政对地方转移支付9143．55亿元，比1994年增加8682．8亿元，增长18．8倍，年均增长28．3％。1994-2006年中央对地方财政转移支付占地方财政支出总额的比重从11．4％提高到30％。其中，中部地区由14．7％提高到 47．2％；西部地区由12．3％提高到52．5％。
财政转移支付体系不断完善，尤其是财力性转移支付的确立和完善，改变了分税制财政管理体制改革前中央财政与地方财政“一对一”谈判、“讨价还价”的财政管理体制模式，增强了财政管理体制的系统性、合理性，减少了中央对地方补助数额确定过程中的随意性。转移支付规模不断增加，支持了中西部经济欠发达地区行政运转和社会事业发展，促进了地区间基本公共服务均等化。
(二)加大财力性转移支付规模，均衡地区间财力差距。
分税制财政管理体制改革后，根据经济形势变化和促进区域协调发展的需要，不断完善财力性转移支付体系，加大财力性转移支付规模，均衡地区间财力差距。
一是1995年建立中央对地方过渡期转移支付，根据各地区总人口、GDP等客观因素，按照统一的公式计算其标准财政收入、财政支出，对存在财政收支缺口的地区按一定系数给予补助，财政越困难的地区补助系数越高。这种分配制度和办法在执行中不断完善，并得到地方的广泛认可。2002年实施所得税收入分享改革，中央财政因改革收入分享办法增加的收入全部用于对地方主要是中西部地区的一般性转移支付，建立了一般性转移支付资金的稳定增长机制。2006年中央对地方一般性转移支付达到1529．85亿元，比 2001年增加1391．69亿元。
二是2000年为配合西部大开发，贯彻
民族区域自治法有关规定，实施民族地区转移支付，民族地区增值税环比增量的80％转移支付给地方，同时中央另外安排资金并与中央增值税增长率挂钩，2006年共155．63亿元。
三是1999年、2001年、2003年和2006年中央多次出台调整工资政策。对因调资增加的支出，中央财政对中西部地区考虑各地区困难程度实施调整工资转移支付。2006年调整工资转移支付为 1723．56亿元。调整工资转移支付根据政策要求和地方的承受能力测算实施，促进了相关政策的平稳出台和社会安定。
四是2000年开始农村税费改革试点，2006年全面取消农业税，对实施农村税费改革造成的净减收，中央财政考虑各地区困难程度实施农村税费改革转移支付。2006年农村税费改革转移支付为751．3亿元。
