4．中科院、水利部等13个部门所属的50个单位对外投资管理不严，转制不规范，少计国有资产和权益等，涉及金额22.84亿元。具体是：5个部门所属的39个单位在转制和对外投资过程中，少计国有资产和权益20．12亿元；4个部门所属的7个单位出借资金、对外投资造成国有资产损失或潜在损失2．29亿元；5个部门所属的5个单位擅自处置、核销或低价出售国有资产 4300．05万元。
5．农业部、国资委等11个部门所属的16个单位违规收费或未严格执行非税收入管理规定，涉及金额2．49亿元。具体是：6个部门所属的8个单位自行设立收费项目或持过期的收费许可证收费7950．72万元，5个部门所属的6个单位未执行“收支两条线”规定，涉及金额1．62亿元； 3个部门所属的3个单位未及时上缴非税收入 730．99万元。
6．民航总局、信息产业部等4个部门所属的 5个单位存在未经批准和超标准、超概算建设办公楼、培训中心等问题，涉及金额17．39亿元。
在中央部门预算执行审计中，共发现经济犯罪案件线索17起，涉案人员28人，已移送有关部门查处。
审计署还对中央部门的25个项目开展了效益审计调查，延伸了600多家相关单位和1000多个子项目，涉及基本建设、对外投资、设备采购等方面。审计调查资金额299．91亿元，共发现资产闲置、资金滞留、损失浪费等问题20亿元。审计署从完善制度、加强管理等方面提出了110条意见和建议。
对上述问题，属于管理不规范的问题，已要求相关部门尽快纠正。属于违法违规的问题，审计署已依法下达审计决定。在审计过程中，已有 18个部门及时整改了审计查出的各类问题 107．54亿元。
此外，根据全国人大常委会和国务院的要求，审计署对25个中央部门2006年度决算(草案)进行了审计，并延伸审计了203个所属单位，查出各类问题22．67亿元，占审计资金量的6．2％。对这些问题，审计长已签署意见，要求予以纠正。
五、中央部门所属单位审计调查情况
结合中央部门预算执行审计，审计署对31个中央部门所属单位的设立、运转和管理情况开展了审计调查。据不完全统计，截至2005年底，31个中央部门共管理各级各类单位(不含经国务院批准的职能司局等内设机构和派出、分支机构) 5074个，资产总额4479．78亿元，在职人员 164．12万人。其中，事业单位2212个，占43．6％；国有独资和控股企业2862个，占56．4％。这些单位约三分之一是1998年后成立的。审计调查表明，1998年以来，党中央、国务院对政府机构进行了两次大的改革，对党政机关办实体也进行了数次清理，收到了比较明显的成效。但部门所属单位设立和管理中还存在诸多问题，有的还比较严重。
一是一些部门的部分行政职能由所属单位承担。抽查25个部门发现，有11个部门所属的73个事业单位承担了部分审批、监督、管理等行政职能；有3个部门所属的10个社团组织利用挂靠在中央部门的特殊地位和日常工作联系，直接或间接参与行使了部分行政职能；有7个部门所属的42个各类中心办理了部分本应由行业组织或社会中介机构承办的技术性、事务性公共服务职能。截至2006年底，上述125个所属单位通过代行行政职能，取得收入4．56亿元。
二是一些部门办实体问题仍未得到根本解决。据对25个部门的不完全统计，许多部门及所属单位兴办了一些经济实体，在这些实体中，有 22个是部门(含内设司局)直接开办或管理的。许多实体依附于机关相关职能和资源，其经营范围和业务活动与部门及所属单位履行职责、分配和使用资金等业务工作相关，还有一些实体垄断了某些行业的相关领域，不利于形成公平的市场竞争。
