（五）"十一五"期间国家发展改革委计划安排100亿元，占匡算"工程"土建总投资需求的大约2／3，其余部分由地方政府负责落实。地方政府承担的配套投入，由省级政府专项安排。
（六）中央专项资金分配原则是：国家发展改革委和教育部依据国务院有关部门明确的相关政策及数据，确定四类县范围；根据各省的四类县数、现有农村初中学校数、2010年预计在校生数、现有学生宿舍、食堂和厕所面积缺额数、农村中小学建设标准、地区经济发展水平等情况，采取因素法测算分配中央专项资金分省控制额度。
国家发展改革委和教育部从100亿元中央专项资金中预留部分额度，在"工程"执行中后期，依据项目省政府配套资金落实情况和工程实施管理实效，对切实重视教育、努力增加投入的省考虑给予奖励性支持。
（七）"工程"建设资金由中央专项资金和省级政府配套投入共同组成。中央专项资金主要用于项目学校学生宿舍、食堂和厕所主体建筑的土建。省级配套资金主要用于项目学校部分土建、床具、炊具等设备购置及取暖、供水、围墙、勤工俭学场地等配套设施建设。
三、主要指导原则
为保证实现"工程"总体目标和任务，国家发展改革委和教育部在组织编制"工程"建设规划和推进项目实施过程中，将把握以下原则：
（八）坚持科学规划、合理布局。各省要指导项目县结合当地经济社会发展实际，充分考虑城镇化建设规划、人口增长和密度、学龄人口变化趋势、寄宿学生实际需求、教育资源布局、地理环境及水电等基础条件是否满足寄宿学校长远发展需要等因素，遴选确定项目学校。列入"工程"建设规划的项目学校必须符合当地中小学布局结构调整规划，布局规划中准备整合撤销或水电等条件不能满足寄宿制学校生活要求的农村初中不得列入项目规划。
（九）坚持整合资源、统筹安排。要以县为单位统筹考虑农村初中校舍建设问题，项目县必须整合县域内农村初中办学资源，对于校舍面积总量已达到或超过国家标准、但存在结构性短缺矛盾的县，鼓励进行办学资源整合，通过调整改造部分富余校舍，解决寄宿学生生活条件不足的问题。校舍面积总量能够满足实际需要的地区，中央专项资金原则上不支持新增校舍建设。
（十）加强薄弱学校、促进均衡发展。优先遴选支持设在乡镇的农村薄弱初中学校，通过专项建设推进其办学条件达到国家或省级规定要求，促进校际间办学条件基本均衡。反对集中财力打造"重点校"或"示范校"的倾向，不搞形象工程。
